سال 10، شماره 6 - ( بهمن - اسفند 1395 )
جلد 10 شماره 6 صفحات 24-16 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Shokoohi Mostafavi S, Ranjbar R. The study of the diversity of repeated sequences in E. coli strains isolated from Alborz province’s water sources. Iran J Med Microbiol 2017; 10 (6) :16-24
URL: http://ijmm.ir/article-1-444-fa.html
URL: http://ijmm.ir/article-1-444-fa.html
شکوهی مصطفوی سمانه، رنجبر رضا. بررسی میزان تنوع توالی‌های تکرارشونده درسویه های اشریشیا کلی جداشده از منابع آب استان البرز. مجله میکروب شناسی پزشکی ایران. 1395; 10 (6) :16-24
1- گروه میکروب شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد دامغان، دامغان، ایران
2- مرکز تحقیقات بیولوژی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه ا... (عج)، تهران، ایران ،ranjbarre@gmail.com
2- مرکز تحقیقات بیولوژی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه ا... (عج)، تهران، ایران ،
چکیده: (10280 مشاهده)
زمینه و اهداف: اشریشیا کلی (E. coli) باسیل گرم منفی از خانواده انتروباکتریاسه است. باکتری E. coli به‌عنوان شاخص آلودگی آب شهری به فاضلاب استفاده می‌شود. توالی‌های تکرارشونده، تکرارهایی از خود ژن‌ها یا قسمت‌هایی از آن‌ها است که تکرار شده‌اند. تکرارهای پشت سرهم ممکن ازنظر تعداد تکرارها در یک موجود نسبت به سایر جمعیت‌های آن موجود متفاوت باشند، که در اصطلاح به آن‌ها، تکرارهای پشت سرهم با تعداد متغییر می‌گویند. هدف از این مطالعه بررسی میزان تنوع توالی‌های تکرارشونده مربوط به دو لوکوس مهم یعنی ms06 و ms23 در E.coli های جداشده از منابع آب استان البرز است.
مواد و روش کار: تعداد 72 ایزوله جداشده E. coli که از مهرماه سال 91 تا مهرماه سال 92، از منابع آب استان البرز جمع‌آوری‌شده بودند موردبررسی قرار گرفت و از آزمون‌های بیوشیمیایی و استاندارد جهت شناسایی و جداسازی باکتری E. coli استفاده شد و پس‌ازآن استخراج ژنوم به‌وسیله روش جوشاندن صورت گرفت. بررسی میزان تنوع توالی‌های تکرارشونده مربوط به دو لوکوس ms06 و ms23 در E.coli با استفاده از روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز انجام گرفت.
یافته‌ها: نتایج حاصل از انجام الکتروفورز در 2 لوکوس ms06 و ms23 نشان داد که لوکوس ms06 دارای 5 نوع الل متفاوت (1 تکرار، 2 تکرار، 3 تکرار،4 تکرار، 5 تکرار) و لوکوس ms23 دارای 4 نوع الل متفاوت (1 تکرار، 2 تکرار،5/2 تکرار) می‌باشد و نیز لوکوس ms23، دارای الل null می‌باشد.
نتیجه‌گیری: مطالعه حاضر برای اولین بار بر روی E. coli های جداشده از منابع آب استان البرز انجام‌شده است. میزان تنوع توالی‌های تکرارشونده در سویه‌های موردبررسی زیاد بود.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
میکروب شناسی مولکولی
دریافت: 1394/4/3 | پذیرش: 1394/8/25 | انتشار الکترونیک: 1395/7/25
دریافت: 1394/4/3 | پذیرش: 1394/8/25 | انتشار الکترونیک: 1395/7/25
فهرست منابع
1. Aertsen A, Anoir beek K, Spiegeleer D.P. Heat Shock Protein-mediated resistance to high hydrostatic pressure in Escherchia Coli. J APPl Environ Microbiol 2004; 70(5): 260-66. [PubMed]
2. Blanch AR, Belanche-Munoz L, Bonjoch X, Ebdon J, Gantzer C, Lucena F, et al. Integrated analysis of established and novel microbial and chemical methods for microbial source tracking. J Appl Environ Microbiol 2006; 72(9):5915-26. [PubMed]
3. McQuaig SM, Scott TM, Harwood VJ, Farrah SR, Lukasik JO. Detection of humanderived fecal pollution in environmental waters by use of a PCR-based human polyomavirus assay. Appl Environ Microbiol 2006; 72(12):7567-7574. [Article]
4. Kummerer K. Antibiotics in the aquatic environment--a review--part I. Chemosphere 2009; 75(4):417-34. [PubMed]
5. Nataro JP, Kaper JB. Diarrheagenic Escherichia coli. Clin Microbiol Rev. 1998;11(1):142-201. [PubMed]
6. Jawetz, Melnick, Adlelbergs. Medical microbiology. 27th ed. Appleton & Lange; 2013.
7. Chao KK, Chao CC, Chao WL. Evaluation of colilert-18 for Detection of Coliforms and E.coli in subtropical freshwater.Appl Environ Microbiol 2004;70(2):1242-44. [PubMed]
8. Olesen B, Neimann J, Böttiger B, Ethelberg S, Schiellerup P, Jensen C, et al. Etiology of diarrhea in young children in Denmark: a case-control study. J Clin Microbiol 2005;43(8):3636-41. [PubMed]
9. Prère MF, Bacrie SC, Baron O, Fayet O. Bacterial aetiology of diarrhoea in young children: high prevalence of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) not belonging to the classical EPEC serogroups. J Pathol Biol (Paris) 2006;54(10):600-2. [PubMed]
10. Lasaro MA, Rodrigues JF, Mathias-Santos C, Guth BE, Balan A, Sbrogio-Almeida ME, et al. Genetic diversity of heat-labile toxin expressed by enterotoxigenic Escherichia coli strains isolated from humans. J Bacteriol 2008;190(7):2400-2410.
11. Welinder-Olsson C, Stenqvist K, Badenfors M, Brandberg A, Floren K. Holm M, et al. EHEC outbreak among staff at a children's hospital: use of PCR for verocytotoxin detection and PFGE for epidemiological investigation. J Epidemiol Infect 2004; 132:43. [PubMed]
12. van den Beld MJ, Reubsaet FA. Differentiation between Shigella, enteroinvasive Escherichia coli (EIEC) and noninvasive Escherichia coli. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012;31(6):899-904. [PubMed]
13. Nataro JP. Diarrhea among children in developing countries. J Adv Exp Med Biol 2013; 764:73-80. [PubMed]
14. Bugarel M, Martin A, Fach P, Beutin L.Virulence gene profiling of enterohemorrhagic Eschrichia coli strains: a basis for molecular risk assessment of typical and atypical EPEC strains. J BMC Microbiol 2011; 11:142-152. [PubMed]
15. van Belkum A. Tracing isolates of bacterial species by multilocus variable number of tandem repeat analysis (MLVA). J FEMS Immunol Med Microbiol 2007; 49(1):22-7. [PubMed]
16. Moller A, Brinkmann B. PCR-VNTRs (PCR-Variable Number of Tandem Repeats) in forensic science. J Cell Mol Biol (Noisy-le-grand) 1995; 41(5):715-24. [PubMed]
17. Levinson G, Gutman GA. Slipped-strand mispairing: a major mechanism for DNA sequence evolution. J Mol Biol Evol 1987; 4(3):203-21. [PubMed]
18. Borges LG, Virginia DV, Gertrudes C. Characterization and genetic diversity via REP-PCR of Escherichia coli isolates from polluted waters in southern Brazil. J FEMS Microbiol Eco 2003; 45: 173-180. [PubMed]
19. Rasschaert G, Houf K, Imberechts H, Grijspeerdt K, De Zutter L , Heyndrickx M. Comparison of five repetitivesequence- based PCR typing methods for molecular discrimination of Salmonella enterica isolates. J. Clin Microbiol 2005; 43: 3615–3623. [Article]
20. Ranjbar R, Memariani M, Memariani H. Diversity of Variable Number Tandem Repeat Loci in Shigella Species Isolated From Pediatric Patients. Int J Mol Cell Med; Summer 2015, 4(3):1-8. [PubMed]
21. Gorge O, Lopez S, Hilaire V, Lisanti O, Ramisse V, Vergnaud G. Selection and validation of a multilocus variable-number tandem-repeat analysis panel for typing Shigella spp. J Clin Microbiol 2008; 46(3):1026-36. [Article]
22. Nadon CA, Trees E, Ng LK, Moller Nielsen E, Reimer A, Maxwell N, et al. Development and application of MLVA methods as a tool for inter-laboratory surveillance. Euro Surveill 2013; 18(35):20565. [PubMed]
23. Bugarel M, Martin A, Fach P, Beutin L.Virulence gene profiling of enterohemorrhagic Eschrichia coli strains: a basis for molecular risk assessment of typical and atypical EPEC strains. J BMC Microbiol 2011; 11:142-152. [PubMed]
24. Jenke C, Harmsen D, Weniger T, Rothganger J, Hyytia-Trees E, Bielaszewska M, et al. Phylogenetic analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli O157, Germany,1987-2008. J Emerg Infect Dis 2010; 16(4):610-6. [PubMed]
25. Bustamante AV, Sanso AM, Lucchesi PM, Parma AE. Genetic diversity of O157:H7 and non-O157 verocytotoxigenic Escherichia coli from Argentina inferred from multiple-locus variable-number tandem repeat analysis (MLVA). Int J Med Microbiol 2010; 300(4):212-7. [PubMed]
26. Kawamori F, Hiroi M, Harada T, Ohata K, Sugiyama K, MasudaT and Ohashi N. Molecular typing of Japanese Escherichia coli O157:H7 isolates from clinical specimens by multilocus variable-number tandem repeat analysis and PFGE. J Med Microbiol 2008; 57(1): 58–63. [PubMed]
27. Bustamante AV, Lucchesi MA, Parma AE. Molecular characterization of verocytotoxigenic Escherichia coli o157:H7 isolates from argentina by multiple-locoi VNTR analysis (MLVA), Brazilian J of Microbiol 2009; 40: 927-932. [Article]
28. Sekse C, Sunde M, Lindstedt BA, Hopp P, Bruheim T, Cudjoe KS. Potentially Human-Pathogenic Escherichia coli O26 in Norwegian Sheep Flocks. J APPL. ENVIRON. MICROBIOL 2011;77(14) 4949–4958. [PubMed]
29. Bustamante AV, Sanso AM, Alberto E, Parma AE, Lucchesi PM. Subtyping of STEC by MLVA in Argentina. J published Microbiol 2012;2(111):1-4. [PubMed]
30. Naseer U, Olsson-Liljequist BE, Woodford N, Dhanji H, Canto´ n R, et al. Multi-Locus Variable Number of Tandem Repeat Analysis for Rapid and Accurate Typing of Virulent Multidrug Resistant Escherichi a coli Clones. J PLoS ONE 2012;7(7): 1-6. [Article]
31. Byrne L, Elson R, Dallman TJ, Perry N, Ashton P, et al. Evaluating the Use of Multilocus Variable Number Tandem Repeat Analysis of Shiga Toxin Producing Escherichia coli O157 as a Routine Public Health Tool in England. J PLoS ONE 2014; 9(1): 1-6. [Article]
32. Ranjbar R, Memariani M. Multilocus variable-number tandem-repeat analysis for genotyping of Shigella sonnei strains isolated from pediatric patients. J GHBB 2015;8(3):225-232. [PubMed]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
