سال 15، شماره 6 - ( آذر و دی 1400 )                   جلد 15 شماره 6 صفحات 699-692 | برگشت به فهرست نسخه ها


XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Elahi Y, Javdani Shahedin G, Nejati A, Ashrafi I, Asadian M, Mazaheri Nezhad Fard R. Whole-Genome Sequencing of a Clinically Isolated Antibiotic-Resistant Enterococcus faecium EntfacYE. Iran J Med Microbiol. 2021; 15 (6) :692-699
URL: http://ijmm.ir/article-1-1395-fa.html
الهی یارا، جاودانی شاهدین گلشید، نجاتی احمد، اشرافی ایرج، اسدیان مهلا، مظاهری نژاد فرد رامین. توالی‌یابی کامل ژنوم انتروکوکوس فاسیوم EntfacYE بالینی مقاوم به آنتی بیوتیک. مجله میکروب شناسی پزشکی ایران. 1400; 15 (6) :699-692

URL: http://ijmm.ir/article-1-1395-fa.html


1- گروه ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران-شمال، تهران، ایران
2- انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران
3- گروه ویروس شناسی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
4- دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران
5- گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
6- گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران ، raminmazaheri@gmail.com
چکیده:   (1118 مشاهده)

زمینه و اهداف:  عفونت‌های انتروکوکی از شایع‌ترین عفونت‌های بیمارستانی محسوب می‌شوند. امروزه انتروکوک‌ها نسبت به آنتی بیوتیک‌های رایج به ویژه ونکومایسین مقاومت بالایی از خود نشان می‌دهند. انتروکوکوس فاسیوم (Enterococcus faecium) مقاوم به ونکومایسین یکی از شایع‌ترین عفونت‌های بیمارستانی است که در فهرست پاتوژن‌های اولویت‌دار سازمان بهداشت جهانی برای تحقیق و توسعه آنتی بیوتیک‌های جدید قرار دارد. در این پژوهش، ما برروی ژنوم انتروکوکوس فاسیوم  EntfacYEو ژن‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک آن متمرکز شدیم تا دلایلی را که باعث مقاومت این باکتری در برابر آنتی‌بیوتیک‌ها شده‌است، دریابیم.
مواد و روش کار:  در این مطالعه، یک سویه انتروکوکوس فاسیوم EntfacYE مقاوم به چند دارو از نمونه خون انسان جدا شد. سویه انتروکوکوس فاسیوم جدا شده با استفاده از توالی‌یابی جزئی فاکتور افزایش طول باکتری Tu به روش سنگر تایید شد. سویه EntfacYE از نظر مقاومت آنتی بیوتیکی بررسی شد و ژنوم باکتری استخراج و توالی یابی کامل گردید. ژنوم توالی‌یابی شده آنالیز شد و ژن‌ها در بانک داده‌های DNA ژاپن ثبت شدند.
یافته ها:  در مجموع، زیرسیستم‌های ژنومی EntfacYE شامل ۲۳ دسته مختلف با ۵۹ ژن متعلق به ژن‌های مقاومت ضد میکروبی بود، به‌طوری‌که ۴۹ ژن مقاومت آنتی‌بیوتیکی دارای زیرسیستم‌های خاص و ده ژن فاقد زیرسیستم‌های خاص بودند. علاوه بر این، ژن‌های مقاومت به کادمیوم، کبالت، مس، روی و جیوه در ژنوم EntfacYE شناسایی شدند.
نتیجه‌گیری:  در نتیجه، مطالعات روی ژنوم باکتری‌ها به محققان کمک می‌کند تا ویژگی‌های پاتوژن‌های رایج، از جمله ژن‌های حدت و مقاومت در برابر آنتی بیوتیک را شناسایی کنند و از این رو، با درک پاتوژنز باکتری‌ها، راه حل‌های جدیدی برای درمان عفونت‌های رایج ارائه کنند.

متن کامل [PDF 541 kb]   (302 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: باکتری شناسی پزشکی
دریافت: 1400/4/30 | پذیرش: 1400/8/10 | انتشار الکترونیک: 1400/9/17

فهرست منابع
1. Gilmore MS, Lebreton F, van Schaik W. Genomic transition of enterococci from gut commensals to leading causes of multidrug-resistant hospital infection in the antibiotic era. Curr Opin Microbiol. 2013;16(1):10-6. [DOI:10.1016/j.mib.2013.01.006] [PMID] [PMCID]
2. Willems RJ, Top J, Marga van Santen D, Coque TM, Baquero F, Grundmann H, Bonten MJ. Global spread of vancomycin-resistant Enterococcus faecium from distinct nosocomial genetic complex. Emerg Infect Dis. 2005;11(6):821. [DOI:10.3201/1106.041204] [PMID] [PMCID]
3. Arias CA, Murray BE. Emergence and management of drug-resistant enterococcal infections. Expert Rev Anti Infect Ther. 2008;6(5):637-55. [DOI:10.1586/14787210.6.5.637] [PMID]
4. Bonten MJ, Willems R, Weinstein RA. Vancomycin-resistant enterococci: why are they here and where do they come from? Lancet Infect Dis. 2001;1(5):314-25. [DOI:10.1016/S1473-3099(01)00145-1]
5. Benenson S, Cohen MJ, Block C, Stern S, Weiss Y, Moses AE, JIRMI Group. Vancomycin-resistant enterococci in long-term care facilities. Infect Control Hosp Epidemiol. 2009;30(8):786-9. [DOI:10.1086/598345] [PMID]
6. Gruber I, Heudorf U, Werner G, Pfeifer Y, Imirzalioglu C, Ackermann H, Brandt C, Besier S, Wichelhaus TA. Multidrug-resistant bacteria in geriatric clinics, nursing homes and ambulant care-prevalence and risk factors. Int J Med Microbiol Suppl. 2013;303(8):405-9. [DOI:10.1016/j.ijmm.2013.05.002] [PMID]
7. Kos VN, Desjardins CA, Griggs A, Cerqueira G, Van Tonder A, Holden MT, Godfrey P, Palmer KL, Bodi K, Mongodin EF, Wortman J. Comparative genomics of vancomycin-resistant Staphylococcus aureus strains and their positions within the clade most commonly associated with Methicillin-resistant S. aureus hospital-acquired infection in the United States. MBio. 2012;3(3). [DOI:10.1128/mBio.00112-12]
8. Brodrick HJ, Raven KE, Harrison EM, Blane B, Reuter S, Torok ME, Parkhill J, Peacock SJ. Whole-genome sequencing reveals transmission of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in a healthcare network. Genome Med. 2016;8(1):1-9. [DOI:10.1186/s13073-015-0259-7] [PMID] [PMCID]
9. Kim EB, Marco ML. Nonclinical and clinical Enterococcus faecium strains, but not Enterococcus faecalis strains, have distinct structural and functional genomic features. Appl Environ Microbiol. 2014;80(1):154-65. [DOI:10.1128/AEM.03108-13] [PMID] [PMCID]
10. Arias CA, Murray BE. The rise of the Enterococcus: beyond vancomycin resistance. Nat Rev Microbiol. 2012;10(4):266-78. [DOI:10.1038/nrmicro2761] [PMID] [PMCID]
11. Palmer KL, Gilmore MS. Multidrug-resistant enterococci lack CRISPR-cas. MBio. 2010;1(4). [DOI:10.1128/mBio.00227-10] [PMID] [PMCID]
12. Elahi Y, Nowroozi J, Fard RM. Isolation and characterization of bacteriophages from wastewater sources on Enterococcus spp. isolated from clinical samples. Iran J Microbiol. 2021;13(5):671-7. [DOI:10.18502/ijm.v13i5.7434]
13. Adeniji OO, Sibanda T, Okoh AI. Recreational water quality status of the Kidd's Beach as determined by its physicochemical and bacteriological quality parameters. Heliyon. 2019;5(6):e01893. [DOI:10.1016/j.heliyon.2019.e01893] [PMID] [PMCID]
14. Wang Y, Oppong TB, Liang X, Duan G, Yang H. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus and vancomycin-resistant enterococci co-colonization in patients: A meta-analysis. Am J Infect Control. 2019;48(8):925-932. [DOI:10.1016/j.ajic.2019.11.010] [PMID]
15. El Jeni R, Ghedira K, El Bour M, Abdelhak S, Benkahla A, Bouhaouala-Zahar B. High-quality genome sequence assembly of R. A73 Enterococcus faecium isolated from freshwater fish mucus. BMC Microbiol. 2020;20(1):1-2. [DOI:10.1186/s12866-020-01980-8] [PMID] [PMCID]
16. Shokoohizadeh L, Ekrami A, Labibzadeh M, Ali L, Alavi SM. Antimicrobial resistance patterns and virulence factors of enterococci isolates in hospitalized burn patients. BMC Research Notes. 2018;11(1):1-5. [DOI:10.1186/s13104-017-3088-5] [PMID] [PMCID]
17. Hosseini MJ, Sadripour R. Antibiotic resistance pattern of bacteria isolated from nosocomial infection in internal surgery and neurosurgery intensive care unit (NICU) at a tertiary care hospital in Tehran, Iran. Biosci Biotechnol Res Asia. 2017;14(3):1095-102. [DOI:10.13005/bbra/2547]
18. Leong KW, Cooley LA, Anderson TL, Gautam SS, McEwan B, Wells A, Wilson F, Hughson L, O'Toole RF. Emergence of vancomycin-resistant Enterococcus faecium at an Australian hospital: a whole genome sequencing analysis. Sci Rep. 2018;8(1):1-1. [DOI:10.1038/s41598-018-24614-6] [PMID] [PMCID]
19. Lytsy B, Engstrand L, Gustafsson Å, Kaden R. Time to review the gold standard for genotyping vancomycin-resistant enterococci in epidemiology: comparing whole-genome sequencing with PFGE and MLST in three suspected outbreaks in Sweden during 2013-2015. Infect Genet Evol. 2017;54:74-80. [DOI:10.1016/j.meegid.2017.06.010] [PMID]
20. Akpaka PE, Kissoon S, Jayaratne P, Wilson C, Golding GR, Nicholson AM, Lewis DB, Hermelijn SM, Wilson-Pearson A, Smith A. Genetic characteristics and molecular epidemiology of vancomycin-resistant enterococci isolates from Caribbean countries. PloS One. 2017;12(10):e0185920. [DOI:10.1371/journal.pone.0185920] [PMID] [PMCID]
21. Shahraki S, Rabi Nezhad Mousavi M. Determination of virulence factors in clinical multidrug resistance enterococci isolates at southeast of Iran. Jundishapur J Microbiol. 2017;10(5). [DOI:10.5812/jjm.45514]
22. Arbabi L, Boustanshenas M, Rahbar M, Owlia P, Adabi M, Koohi SR, Afshar M, Fathizadeh S, Majidpour A, Talebi-Taher M. Antibiotic susceptibility pattern and virulence genes in Enterococcus spp. isolated from clinical samples of Milad hospital of Tehran, Iran. Arch Clin Infect Dis. 2016;11(3). [DOI:10.5812/archcid.36260]
23. Seppälä H, Skurnik M, Soini H, Roberts MC, Huovinen P. A novel erythromycin resistance methylase gene (ermTR) in Streptococcus pyogenes. Antimicrob Agents Chemother. 1998;42(2):257-62. [DOI:10.1128/AAC.42.2.257] [PMID] [PMCID]
24. Ahmadpoor N, Ahmadrajabi R, Esfahani S, Hojabri Z, Moshafi MH, Saffari F. High-level resistance to erythromycin and tetracycline and dissemination of resistance determinants among clinical enterococci in Kerman-Iran. Med Princ Pract. 2021; Mar 31. Online ahead of print. [DOI:10.1159/000516216] [PMID] [PMCID]
25. Kristich CJ, Rice LB, Arias CA. Enterococcal infection-treatment and antibiotic resistance. In: Enterococci: From commensals to leading causes of drug resistant infection. Boston: Massachusetts Eye and Ear Infirmary; 2014.
26. Jeong DW, Lee B, Heo S, Oh Y, Heo G, Lee JH. Two genes involved in clindamycin resistance of Bacillus licheniformis and Bacillus paralicheniformis identified by comparative genomic analysis. PloS One. 2020;15(4):e0231274. [DOI:10.1371/journal.pone.0231274] [PMID] [PMCID]
27. Rengaraj R, Mariappan S, Sekar U, Kamalanadhan A. Detection of vancomycin resistance among Enterococcus faecalis and Staphylococcus aureus. Journal of clinical and diagnostic research: JCDR. 2016;10(2):DC04. [DOI:10.7860/JCDR/2016/17552.7201] [PMID] [PMCID]
28. Zavaryani SM, Mirnejad R, Piranfar V, Moghaddam MM, Sajjadi N, Saeedi S. Assessment of susceptibility to five common antibiotics and their resistance pattern in clinical Enterococcus isolates. IJP. 2020;15(2):96. [DOI:10.30699/ijp.2020.114009.2236] [PMID] [PMCID]
29. Soltani Nezhad S, Rabbani Khorasgani M, Emtiazi G. Analysis of zinc resistance gene in zinc and zinc oxide nanoparticles resistant Pseudomonas stutzeri SEE-1 isolated from soil. JMW. 2015;8(23):139-47.
30. Guo H, Luo S, Chen L, Xiao X, Xi Q, Wei W, Zeng G, Liu C, Wan Y, Chen J, He Y. Bioremediation of heavy metals by growing hyperaccumulaor endophytic bacterium Bacillus sp. L14. Bioresour Technol. 2010;101(22):8599-605. [DOI:10.1016/j.biortech.2010.06.085] [PMID]
31. Shirdam R, Khanafari A, Tabatabaei A. Cadmium, nickel and vanadium accumulation by three strains of marine bacteria. Iran J Biotechnol. 2006;3(4):180-7.
32. Li C, Li Y, Ding C. The role of copper homeostasis at the host-pathogen axis: from bacteria to fungi. Int J Mol Sci. 2019;20(1):175. [DOI:10.3390/ijms20010175] [PMID] [PMCID]
33. Nami Y, Vaseghi Bakhshayesh R, Mohammadzadeh Jalaly H, Lotfi H, Eslami S, Hejazi MA. Probiotic properties of Enterococcus isolated from artisanal dairy products. Front Microbiol. 2019;10:300. [DOI:10.3389/fmicb.2019.00300] [PMID] [PMCID]
34. Lavova M, Bezekova J, Canigova M, Krocko M, Domig K. Species identification of enterococci by biochemical test and molecular-genetic methods. Potravinarstvo. 2014;8(1):124-9. [DOI:10.5219/364]

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله میکروب شناسی پزشکی ایران می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق   ناشر: موسسه فرنام

© 2022 CC BY-NC 4.0 | Iranian Journal of Medical Microbiology

Designed & Developed by : Yektaweb Publishr: Farname Inc.