سال 18، شماره 1 - ( بهمن - اسفند 1402 )
جلد 18 شماره 1 صفحات 48-41 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Fadila W, H. Wahid M, Fadilah F, Syahniar R, Krisnuhoni E, Yasmon A. Two Novel Amino Acid Insertions in the Helicobacter pylori rdxA Gene Detected in Gastric Paraffin Biopsies. Iran J Med Microbiol 2024; 18 (1) :41-48
URL: http://ijmm.ir/article-1-2179-fa.html
URL: http://ijmm.ir/article-1-2179-fa.html
فادیلا ویلدا، اچ. وحید ماردیاستوتی، فادیله فادیله، سیاهنیار رایک، کریسنوهونی انینگ، یاسمون اندی. شناسای دو درج جدید اسید آمینه در ژن هلیکوباکتر پیلوری rdxA در بیوپسی‌های پارافین معده. مجله میکروب شناسی پزشکی ایران. 1402; 18 (1) :41-48
ویلدا فادیلا1 
، ماردیاستوتی اچ. وحید2 
، فادیله فادیله3 ، رایک سیاهنیار4 ، انینگ کریسنوهونی5 ، اندی یاسمون 6
، ماردیاستوتی اچ. وحید2 ، فادیله فادیله3 ، رایک سیاهنیار4 ، انینگ کریسنوهونی5 ، اندی یاسمون 6
1- گروه علوم زیست پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
2- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
3- گروه شیمی پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
4- گروه میکروب شناسی و انگل شناسی، دانشکده پزشکی و بهداشت، دانشگاه محمدیه، جاکارتا، اندونزی
5- گروه آسیب شناسی تشریحی، دانشکده پزشکی، د بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
6- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی ، andiyasmon@gmail.com
2- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
3- گروه شیمی پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
4- گروه میکروب شناسی و انگل شناسی، دانشکده پزشکی و بهداشت، دانشگاه محمدیه، جاکارتا، اندونزی
5- گروه آسیب شناسی تشریحی، دانشکده پزشکی، د بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی
6- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی ، andiyasmon@gmail.com
چکیده: (267 مشاهده)
زمینه و اهداف: بزرگترین مشکل در مدیریت بیماران مبتلا به عفونت هلیکوباکتر پیلوری مقاومت به داروی آنتی بیوتیک خط اول مترونیدازول است. چندین مکانیسم زمینه ساز مقاومت هلیکوباکتر پیلوری در برابر مترونیدازول است و یکی از آنها جهش در ژن rdxA است که پروتئین نیکوتین آمید آدنین دی نوکلئوتید فسفات (NADPH) را کد می کند. بنابراین، ما ژن rdxA تکثیر شده با PCR از بیوپسی های پارافین معده را مشخص کردیم.
مواد و روش کار: این یک مطالعه اکتشافی با استفاده از ۳۴ نمونه بیوپسی پارافین معده است که هلیکوباکتر پیلوری مثبت بودند در یک روش Real-time PCR. برای تجزیه و تحلیل ژن rdxA، ما PCR تودرتوی یک قطعه ژن را انجام دادیم و به دنبال آن توالی یابی DNA برای تجزیه و تحلیل تغییرات اسید آمینه و تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین انجام شد.
یافته ها: از ۳۴ نمونه بیوپسی پارافینی مثبت هلیکوباکتر پیلوری، ۵ مورد برای قطعه ژن rdxA مثبت بود. تجزیه و تحلیل تغییر اسید آمینه نشان داد که پروتئین NADPH دارای جایگزینی، درج، تغییر قاب و کدون های توقف زودرس است. دو درج اسید آمینه جدید پیدا شد. تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین نشان داد که پروتئین NADPH با جایگزینی دارای تغییرات اسید آمینه است و ۲ پاکت برای سایت های فعال تشکیل می دهد. پروتئین NAPDH با جایگزینی و ۲ درج جدید از دست دادن یک جیب را نشان داد.
نتیجه‌گیری: مطالعه حاضر در مورد تجزیه و تحلیل ژنتیکی ژن rdxA گزارش می‌دهد که تنوع توالی DNA را نشان می‌دهد. دو درج اسید آمینه در ژن NADPH یک یافته منحصر به فرد است و اثر آنها بر فنوتیپ مقاوم به آنتی باکتریال نیاز به بررسی در مطالعات آینده دارد.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
مقاومت پادزیستی (آنتی بیوتیکی)
دریافت: 1402/9/10 | پذیرش: 1402/12/17 | انتشار الکترونیک: 1402/12/28
دریافت: 1402/9/10 | پذیرش: 1402/12/17 | انتشار الکترونیک: 1402/12/28
فهرست منابع
1. Ierardi E, Losurdo G, Mileti A, Paolillo R, Giorgio F, Principi M, Di Leo A. The puzzle of coccoid forms of Helicobacter pylori: beyond basic science. Antibiotics. 2020;9(6):293. [DOI:10.3390/antibiotics9060293] [PMID] [PMCID]
2. Svane S, Sigurdarson JJ, Finkenwirth F, Eitinger T, Karring H. Inhibition of urease activity by different compounds provides insight into the modulation and association of bacterial nickel import and ureolysis. Sci Rep. 2020;10:8503. [DOI:10.1038/s41598-020-65107-9] [PMID] [PMCID]
3. Malfertheiner P, Camargo MC, El-Omar E, Liou JM, Peek R, Schulz C, et al. Helicobacter pylori infection. Nat Rev Dis Primers. 2023;9(1):19. [DOI:10.1038/s41572-023-00431-8] [PMID]
4. Karbalaei M, Keikha M. Potential association between the hopQ alleles of Helicobacter pylori and gastrointestinal diseases: A systematic review and meta-analysis. Meta Gene. 2020;26:100816. [DOI:10.1016/j.mgene.2020.100816]
5. Quach DT, Vilaichone RK, Vu KV, Yamaoka Y, Sugano K, Mahachai V. Helicobacter pylori Infection and Related Gastrointestinal Diseases in Southeast Asian Countries: An Expert Opinion Survey. Asian Pac J Cancer Prev. 2018;19(12):3565-9. [DOI:10.31557/APJCP.2018.19.12.3565] [PMID] [PMCID]
6. Syam AF, Miftahussurur M, Makmun D, Nusi IA, Zain LH, Zulkhairi, et al. Risk Factors and Prevalence of Helicobacter pylori in Five Largest Islands of Indonesia: A Preliminary Study. PLoS One. 2015;10(11):e0140186. [DOI:10.1371/journal.pone.0140186] [PMID] [PMCID]
7. Miftahussurur M, Syam AF, Nusi IA, Makmun D, Waskito LA, Zein LH, et al. Surveillance of Helicobacter pylori Antibiotic Susceptibility in Indonesia: Different Resistance Types among Regions and with Novel Genetic Mutations. PLoS One. 2016;11(12):e0166199. [DOI:10.1371/journal.pone.0166199] [PMID] [PMCID]
8. Vilaichone RK, Quach DT, Yamaoka Y, Sugano K, Mahachai V. Prevalence and Pattern of Antibiotic Resistant Strains of Helicobacter Pylori Infection in ASEAN. Asian Pac J Cancer Prev. 2018;19(5):1411-3.
9. Spaans SK, Weusthuis RA, Van der Oost J, Kengen SW. NADPH-generating systems in bacteria and archaea. Front Microbiol. 2015;6:742. [DOI:10.3389/fmicb.2015.00742] [PMID] [PMCID]
10. Gong Y, Zhai K, Sun L, He L, Wang H, Guo Y, Zhang J. RdxA Diversity and Mutations Associated with Metronidazole Resistance of Helicobacter pylori. Microbiol Spectr. 2023;11(2):e03903-22. [DOI:10.1128/spectrum.03903-22] [PMID] [PMCID]
11. Dingsdag SA, Hunter N. Metronidazole: an update on metabolism, structure-cytotoxicity and resistance mechanisms. J Antimicrob Chemother. 2018;73(2):265-79. [DOI:10.1093/jac/dkx351] [PMID]
12. Kwon DH, Hulten K, Kato M, Kim JJ, Lee M, El-Zaatari FAK, et al. DNA Sequence Analysis of rdxA andfrxA from 12 Pairs of Metronidazole-Sensitive and -Resistant Clinical Helicobacter pyloriIsolates. Antimicrob Agents Chemother. 2001;45(9):2609-15. [DOI:10.1128/AAC.45.9.2609-2615.2001] [PMID] [PMCID]
13. Mirzaei N, Poursina F, Moghim S, Rahimi E, Safaei HG. The mutation of the rdxA gene in metronidazole-resistant Helicobacter pylori clinical isolates. Adv Biomed Res. 2014;3:90. [DOI:10.4103/2277-9175.128469] [PMID] [PMCID]
14. Rezaei S, Talebi Bezmin Abadi A, Mohabatti Mobarez A. Metronidazole-resistant Helicobacter pylori isolates without rdxA mutations obtained from Iranian dyspeptic patients. New Microbes New Infect. 2020;34:100636. [DOI:10.1016/j.nmni.2019.100636] [PMID] [PMCID]
15. Marques B, Donato MM, Cardoso O, Luxo C, Martinho A, Almeida N. Study of rdxA and frxA genes mutations in metronidazole-resistant and -susceptible Helicobacter pylori clinical isolates from the central region of Portugal. J Glob Antimicrob Resist. 2019;17:300-4. [DOI:10.1016/j.jgar.2019.01.008] [PMID]
16. Hussein RA, Al-Ouqaili MTS, Majeed YH. Detection of Helicobacter Pylori infection by invasive and non-invasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 2021;16(8):e0256393. [DOI:10.1371/journal.pone.0256393] [PMID] [PMCID]
17. Menoni SMF, Bonon SHA, Zeitune JMR, Costa SCB. PCR-Based Detection and Genotyping of Helicobacter pylori in Endoscopic Biopsy Samples from Brazilian Patients. Gastroenterol Res Pract. 2013;2013:951034. [DOI:10.1155/2013/951034] [PMID] [PMCID]
18. Syahniar R, Wahid MH, Syam AF, Yasmon A. Detecting the Helicobacter pylori 16S rRNA Gene in Dyspepsia Patients Using Real-Time PCR. Acta Med Indones. 2019;51(1):34-41.
19. Ramírez-Lázaro MJ, Lario S, Casalots A, Sanfeliu E, Boix L, García-Iglesias P, et al. Real-time PCR improves Helicobacter pylori detection in patients with peptic ulcer bleeding. PLoS One. 2011;6(5):e20009. [DOI:10.1371/journal.pone.0020009] [PMID] [PMCID]
20. Begum S, Prabhu V, Mohanty V, Upadhyaya KK, Abdulla R. Unveiling the arcanum of formalin-fixed paraffin-embedded archival tissue blocks: A valuable resource for genomic DNA extraction. J Oral Maxillofac Pathol. 2022;26(2):289. [DOI:10.4103/jomfp.jomfp_424_20] [PMID] [PMCID]
21. Frazer Z, Yoo C, Sroya M, Bellora C, DeWitt BL, Sanchez I, et al. Effect of Different Proteinase K Digest Protocols and Deparaffinization Methods on Yield and Integrity of DNA Extracted From Formalin-fixed, Paraffin-embedded Tissue. J Histochem Cytochem. 2020;68(3):171-84. [DOI:10.1369/0022155420906234] [PMID] [PMCID]
22. Dupont ME, Jacobsen SB, Christiansen SNN, Tfelt-Hansen J, Smerup MH, Andersen JD, Morling N. Fresh and frozen cardiac tissue are comparable in DNA methylation array β-values, but formalin-fixed, paraffin-embedded tissue may overestimate DNA methylation levels. Sci Rep. 2023;13(1):16381. [DOI:10.1038/s41598-023-43788-2] [PMID] [PMCID]
23. Dahn HA, Mountcastle J, Balacco J, Winkler S, Bista I, Schmitt AD, et al. Benchmarking ultra-high molecular weight DNA preservation methods for long-read and long-range sequencing. Gigascience. 2022;11:giac068. [DOI:10.1093/gigascience/giac068] [PMID] [PMCID]
24. Khan SS, Tijare M, Kasetty S, Jain M, Alamoudi A, Bahammam HA, et al. Evaluation and Comparison of Genomic DNA Extraction Methods and PCR Optimization on Archival Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissues of Oral Squamous Cell Carcinoma. Diagnostics (Basel). 2022;12(5):1219. [DOI:10.3390/diagnostics12051219] [PMID] [PMCID]
25. Lui Sook Y, Khoon Lin L. rdxA Gene is an Unlikely Marker for Metronidazole Resistance in the Asian Helicobacter pylori Isolates. J Microbiol Biotechnol. 2003;13(5):751-8.
26. Kim SY, Joo YM, Lee HS, Chung IS, Yoo YJ, Merrell DS, Cha JH. Genetic analysis of Helicobacter pylori clinical isolates suggests resistance to metronidazole can occur without the loss of functional rdxA. J Antibiot (Tokyo). 2009;62(1):43-50. [DOI:10.1038/ja.2008.6] [PMID]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
