۵ نتیجه برای تشخیص مولکولی
محمدحسن شاه حسینی، زهرا حسینی، بهمن تبرایی ، فاطمه اخلاقی ، محمدعلی شکرگزار ، الهام مسلمی ،
سال ۲، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۸۷ )
چکیده
مقدمه و اهداف: آلودگی کشت های سلولی در شرایط آزمایشگاه با گونه های مایکوپلاسما می تواند به مشکلاتی در ارگانیسم های زنده منجر شود. بنابراین، تهیه یک پروتکل تشخیص روتین برای عفونت های مایکوپلاسمایی، جهت به دست آوردن نتایج تحقیقاتی قابل اعتماد، ضروری و انکارناپذیر است. به دلیل محدودیت در روش های متواتر، این اواخر تکنولوژی هایی بر پایه اسید نوکلئیک خصوصا روش های بر پایه واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) برای شناسایی و تشخیص تمامی گونه های جنس مایکوپلاسما، به عنوان روشی سریع و ویژه ارایه شده اند. هدف از انجام این مطالعه ارایه روشی بر پایه PCR جهت آشکار کردن مایکوپلاسماها در نمونه های کشت سلولی و سایر فرآورده های بیولوژیک مانند واکسن ها بود.
روش بررسی: با استفاده از پرایمرهای مخصوص جنس SHAH-GPO-۳ و MGSO و گونه های استاندارد، روش PCR بهینه شد و از جهت حساسیت و ویژگی بررسی گردید. سپس از کشت های سلولی DNA استخراج و با PCR آزمایش شد. محصول تکثیری کلون و تعیین توالی گردید.
یافته ها: در این مطالعه، روش حساسی از PCR تهیه و جهت تشخیص جنس مایکوپلاسما در آلودگی های فرآورده های بیولوژیک توسعه داده شد. ژن ۱۶S rDNA به دلیل داشتن سکانس های مشترک و ثابت به عنوان ژن هدف، جهت تکثیر با پرایمرهای تغییر یافته مورد استفاده قرار گرفت. این روش حساس توسعه داده شده، با محصولی به اندازه ۲۷۲ bp، دارای حساسیتی در حد ۱۰ کپی از DNA ژنوم هدف بوده و با DNA بسیاری از میکروارگانیسم ها، رده های سلولی انسان، واکنش متقاطع ندارد. از این جهت، پرایمرها دارای حساسیت و ویژگی فوق العاده بالایی هستند.
نتیجه گیری: سنجش PCR بر مبنای سکانس های ثابت و مشترک موجود در ۱۶S rRNA، یک تکنیک مفید، قابل اعتماد با حساسیت، ویژگی، و دقت بالا جهت شناسایی آلودگی های مایکوپلاسمایی در کشت سلول و سایر فرآورده های بیولوژیک است. البته تحقیقات بیشتری در زمینه استخراج DNA، روش های تغلیظ نمونه، سکانس های هدف، روش شناسایی محصول تکثیری باید انجام گیرد.
الهام حسین علیپور، پروفسور کریم مردانی، دکتر مهران مرادی،
سال ۱۲، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۷ )
چکیده
زمینه و هدف: لاکتوباسیلوس سالیواریوس، باکتری پروبیوتیک شناخته‌شده‌ای است که از دستگاه گوارش انسان و حیوانات جدا میشود. هدف از این مطالعه، جداسازی لاکتوباسیلوس سالیواریوس از شیر خام گاومیش و شناسایی مولکولی و بررسی ویژگی‌های ضدمیکروبی آن در شرایط آزمایشگاهی است.
مواد و روش‌کار: تعداد ۲۰ نمونه شیر خام گاومیش از دامداری های سنتی و صنعتی شهرستان ارومیه تهیه و پس از انتقال به آزمایشگاه، روی محیط MRS کشت داده شدند. در ادامه کلنی های مشکوک از نظر شکل و خصوصیات بیوشیمیایی انتخاب و به‌منظور تعیین گونۀ آنها از روش واکنش زنجیرهای پلیمراز و به‌دنبال آن چندشکلی طولی قطعۀ محدودشونده (PCR-RFLP) و تعیین توالی نوکلئوتیدی ژن ۱۶S rRNA استفاده شد. اثرات ضدمیکروبی لاکتوباسیلوس سالیواریوس و مایع رویی آن بر علیه لیستریا منوسیتوژنز، سالمونلا تیفیموریوم، اشریشیا کلی و استافیلوکوکوس اورئوس به ترتیب به روش نقطه ای و دیسک بررسی شد. همچنین هیدروفوبیسیتی سطحی باکتری به روش اتصال باکتری به هیدروکربن گزیلن و تولئن ارزیابی شد.
یافته‌ها: از ۶۰ جدایۀ مشکوک به‌دست‌آمده از شیر گاومیش، پس از تعیین توالی نوکلئوتیدی، تعداد ۲۳ جدایۀ مختلف از باکتری های اسید لاکتیک شناسایی شد که فقط یک جدایه لاکتوباسیلوس سالیواریوس بود. جدایۀ لاکتوباسیلوس سالیواریوس اثر مهاری معنیداری در مقایسه با باکتری استاندارد، بر عوامل بیماری زای مطالعه‌شده داشت. بیشترین و کمترین اثر مهاری به‌ترتیب در استافیلوکوکوس اورئوس و سالمونلا تیفیموریوم مشاهده شد. هیدروفوبیستی باکتری نسبت به گزیلن ۵۵/۳ درصد و تولئن ۵۵/۶ درصد گزارش شد.
نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که شیوع جنس لاکتوباسیلوس در شیر گاومیش بسیار پایین است و لاکتوباسیلوس سالیواریوس جداشده از خصوصیات ضدمیکروبی منحصربه‌فردی در مقایسه با باکتری پروبیوتیک استاندارد برخوردار است.
مریم آدابی، سید حمید هاشمی، سمیه بختیاری،
سال ۱۶، شماره ۲ - ( ۱-۱۴۰۱ )
چکیده
زمینه و اهداف: Alcaligenes یک باسیل گرم منفی غیر تخمیری است که باعث عفونت های بیمارستانی از جمله عفونت های مجاری ادراری، ذات الریه و سپسیس می شود و ممکن است با سودوموناس آئروژینوزا اشتباه گرفته شود. عفونت‌های آلکالیژنز معمولاً به خوبی شناسایی نمی‌شوند و به دلیل وجود خطاها و شباهت‌های احتمالی با سودوموناس، تشخیص آنها با آزمایش‌های فنوتیپی کافی نیست. در این مورد روش های مولکولی موثرتر به نظر می رسد. هدف ما در این مطالعه، بررسی حضور واقعی ایزوله‌های بالینی xylosoxidans Alcaligenes و Alcaligenes faecalis با روش‌های فنوتیپی و ژنتیکی و تعیین حساسیت آنتی‌بیوتیکی آنها بود.
مواد و روش کار: از ابتدای مهرماه ۱۳۹۸ تا ابتدای فروردین ۱۳۹۹، ۳۶ ایزوله بالینی از بیمارستان سینا همدان که به‌عنوان آلکالیژنز در آزمایشگاه میکروبیولوژی بیمارستان شناسایی شده بودند ، ابتدا با روش‌های روتین فنوتیپی مورد تجزیه و تحلیل قرار دادیم. سپس با استفاده از روش PCR و ردیابی ژن های AX و ۷۷F-r، به ترتیب سویه های A. xylosoxidans و A. faecalis را شناسایی کردیم. همچنین مقاومت آنتی بیوتیکی هر ایزوله به روش دیسک دیفیوژن تعیین شد.
یافته ها: از ۳۶ نمونه آلکالیژنز های شناسایی شده از نظر فنوتیپی، تنها ۱۳ نمونه (۳۶/۱۱ درصد) به عنوان A. xylosoxidans و ۳ نمونه (۸/۳۳ درصد) به عنوان A. faecalis با آزمایش PCR تأیید شدند. در بین جدایه های A. xylosoxidans بیشترین حساسیت (۹۲/۳ درصد) به سفالوسپورین و بیشترین مقاومت (۷۶/۹۲ درصد) به سیپروفلوکساسین بود. در بین جدایه های A .faecalis بیشترین حساسیت (۱۰۰%) به سفتازیدیم، پیپراسیلین/تازوباکتام، ایمی پنم، مروپنم و سفپیم و بیشترین مقاومت (۶۶/۶۶%) در مقابل جنتامایسین و سفتریاکسون مشاهده شد.
نتیجه‌گیری: با توجه به اهمیت تشخیص دقیق آلکالیژنزها در مبارزه با عفونت‌های بیمارستانی، به نظر می‌رسد با آزمایش‌های فنوتیپی و بیوشیمیایی، احتمال خطا در تشخیص آنها وجود دارد. بنابراین با استفاده از روش PCR می توان هر گونه را با دقت بیشتری شناسایی کرد.
نغمه محرابی فر، حمید استاجی، مرتضی کیوانلو، محمدرضا سلیمی بجستانی، احسان گله دار کاخکی،
سال ۱۶، شماره ۳ - ( ۲-۱۴۰۱ )
چکیده
زمینه و اهداف: بیماری آناپلاسموز ناشی از گونه های جنس آناپلاسما و یک بیماری مهم منتقله توسط بندپایان در مهره داران مختلف بوده و اهمیت بهداشتی فراوانی برای انسان دارد. مطالعه حاضر با هدف بررسی حضور و تعیین ژنوتیپ آناپلاسما فاگوسیتوفیلوم با استفاده از روش های بررسی میکروسکوپی، تکنیک Realtime-PCR و آنالیزهای فیلوژنتیکی در سگ‌های پناهگاه‌های مشهد در استان خراسان رضوی انجام شد.
مواد و روش کار: برای این منظور، در سال ۲۰۲۰، تعداد ۲۵۰ نمونه خون طی معاینات معمول بهداشتی از سگ‌ها در پناهگاه‌های مختلف واقع در شهر جمعآوری شد. ابتدا از نمونه‌های خون، گسترش تهیه شده و با گیمسا رنگ‌آمیزی شد و زیر میکروسکوپ نوری از نظر وجود آناپلاسما بررسی شد. سپس DNA ژنومی از بخش بافی کوت نمونه‌های خون استخراج شده و با تکثیر یک قطعه توالی با اندازه ۱۴۰۰ جفت باز از ۱۶S rRNA متعلق به جنس آناپلاسما، از نظر وجود عفونت آناپلاسما با استفاده از روش realtime-PCR بررسی شدند. در نهایت، تعیین توالی و تجزیه و تحلیل بر روی قطعات تکثیر شده برای ارزیابی فیلوژنتیک سویه ها با استفاده از نرم افزار BLAST در نمونه های مثبت انجام شد.
یافته ها: در مجموع تعداد ۹ سگ (۳/۶۰ %) شامل ۵ ماده (۳/۴۰ %) و ۴ نر (۳/۸۸ %) از نظر عفونت آناپلاسما در تست Realtime-PCR مثبت بودند. همچنین مورولای آناپلاسما فاگوسایتوفیلوم در نوتروفیل های ۳ حیوان که در تست PCR مثبت تشخیص داده شده بودند در گسترش خون آنها شناسایی شد.
نتیجه‌گیری: این مطالعه یافته های مهمی را در رابطه با حضور آناپلاسما فاگوسایتوفیلوم در سگ و میزان تشابه یا ناهمگونی ژنتیکی این سویه های بیماری زا تشخیص داده شده از سگ و انسان در ایران و سایر کشورها ارائه می دهد. با توجه به یافته ها، مطالعه حاضر اولین شواهد مولکولی در مورد عفونت آناپلاسما فاگوسیتوفیلوم در سگ های پناهگاه ها در منطقه را نشان می دهد.
اشکان دیربازیان، مجتبی صادقی منش، عباس مروتی، محمد سلیمانی، روح اله میرجانی، سید حسین موسوی،
سال ۱۶، شماره ۵ - ( ۷-۱۴۰۱ )
چکیده
زمینه و اهداف: Bartonella quintana باکتری گرم منفی است که ایجاد کننده بیماری Trench fever است. باکتری می‌تواند از عوامل ایجاد کننده اندوکاردیت باشد. اندوکاردیت باکتریایی بیماری خطرناک و گاه کشنده‌ای است. تشخیص به موقع و سریع باکتری با روش‌های مولکولی مانند PCR حائز اهمیت می‌باشد. در این مطالعه، آلودگی موارد مبتلا به باکتری B. quintana با روش PCR مورد بررسی قرار گرفت.
مواد و روش کار: نمونه‌های اندوکاردیت کشت منفی از بیماران جمعآوری شد. PCR، انجام گرفت و ژنftsz تکثیر و جداسازی شد. نمونه‌هایی اندوکاردیت تعیین توالی شدند. نمونه کنترل مثبت سنتز شد و درون وکتور PUC ۱۸ آماده گردید. تعیین ویژگی برای باکتری‌ها انجام گرفت و ژن کلون گردید. جهت تایید کلونینگ، کلنی PCR انجام گرفت. پلاسمیدها، استخراج شدند و در نهایت حساسیت و حد تشخیص تعیین گردید.
یافته ها: تعیین توالی نشان داد که نمونه‌ها مربوط به باکتری‌های کلبیسلا پنومونیه بودند. به منظور بررسی ویژگی، هیچ باندی روی ژل آگارز مشاهده نگردید. این موضوع نشان‌داد که پرایمرهای طراحی شده فقط به باکتری مورد نظر متصل میشود. آخرین رقت پلاسمید با غلظت ng/µl۷۸۰ که باند قابل تشخیصی را در روی ژل ایجاد نمود، ۷-۱۰ و کمترین تعداد کپی قابل تشخیص در PCR برابر ۲۴ کپی محاسبه گردید.
نتیجه‌گیری: در سال‌های اخیر تلاش زیادی برای توسعه روش‌های مولکولی سریع و خاص برای تشخیص بارتونلا انجام شده است. به نظر می‌رسد روش PCR ابزار مفیدی است که ممکن است زمان تشخیص B. quintana را در طول عفونت‌های سیستمیک، مانند اندوکاریت کاهش دهد.
