fa بررسی فیلوژنی سویه‌های سالمونلای جدا‌شده از نمونه‌های بالینی بیمارستان‌های تهران براساس تعیین توالی ژن 23S rRNA میکروب شناسی مولکولی Molecular Microbiology مقاله پژوهشی Original Research Article <div><span style="font-family:iransans;"><strong><span style="font-size:9.0pt;">زمینه و هدف:</span></strong> <span style="font-size:9.0pt;">باکتری <em>سالمونلا</em> یکی از مهم‌ترین عوامل گاستروانتریت</span> <span style="font-size:9.0pt;">باکتریایی و بیماری‌های ناشی از غذا است. تاکنون بیش از ۲۵۰۰ سرووار از این جنس شناسایی‌شده که اکثر آنها برای انسان بیماری‌زا هستند</span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">.</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> ساختار فیلوژنی خانواده <em>انتروباکتریاسه</em> براساس توالی </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">۱۶S rRNA</span></span></em><span style="font-size:9.0pt;"> تنوع وسیعی ندارد. بنابراین</span> <span style="font-size:9.0pt;">این ژن به دلیل میزان توالی بالای حفاظت‌شده در ساختار خود، نمی‌تواند مشکلات طبقه‌بندی را در گونه‌های نزدیک به هم حل کند. به این منظور برای بررسی سویه‌های سالمونلا، ژن </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">۲۳S rRNA</span></span></em><span style="font-size:9.0pt;"> انتخاب شد که توانایی تفکیک سویه‌های مرتبط به هم را در سطح زیرگونه دارد. هدف از این مطالعه بررسی قرابت سویه‌های <em>سالمونلا</em>ی بالینی با استفاده از توالی ژن </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">۲۳S rRNA</span></span></em><span style="font-size:9.0pt;"> است.</span><br> <strong><span style="font-size:9.0pt;">مواد و روش‌ کار:</span></strong> <span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">DNA</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> نمونه‌های تأییدشده <em>سالمونلا</em> از بیماران با علائم گوارشی، استخراج و توالی ژن </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">۲۳S rRNA</span></span></em><span style="font-size:9.0pt;"> پس از </span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">PCR</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> در آنها تعیین شد. درختچه فیلوژنی براساس روش </span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">Neighbor-joining</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> و با نرم‌افزار </span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">MEGA ۵.۰۵ ۵</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> رسم شد.</span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;"></span></span><br> <strong><span style="font-size:9.0pt;">یافته‌ها:</span></strong> <span style="font-size:9.0pt;">دو ساختار مارپیچ ۲۵ و ۴۵ در بین اکثر سویه‌ها با سروتیپ‌های مختلف دیده شد. در سویه‌های <em>سالمونلای</em> تیفی تنها ساختار مارپیچ ۲۵ و در بقیه سویه‌ها مارپیچ ۴۵ مشاهده شد. میزان قرابت سویه‌های <em>سالمونلا</em></span> <span style="font-size:9.0pt;">براساس توالی </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">۲۳S rRNA</span></span></em><span style="font-size:9.0pt;"> بین</span><span style="font-size:9.0pt;">&nbsp;۱۰۰-۹۹</span> <span style="font-size:9.0pt;">درصد بود.</span><span style="font-size:9.0pt;"></span><br> <strong><span style="font-size:9.0pt;">نتیجه‌گیری: </span></strong><span style="font-size:9.0pt;">نتایج ژن</span> &nbsp;<em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">۲۳S rRNA</span></span></em><span style="font-size:9.0pt;">تمایز بیشتری برای آنالیز در سطح زیرگونه و تفریق سروتیپ‌ها نشان می‌دهد. با توجه به تنوع سروتیپ‌های <em>سالمونلا</em> براساس تفاوت آنتی‌ژن‌های </span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">O</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> و </span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">H</span></span><span style="font-size:9.0pt;"> سطحی، لزوم به‌کارگیری روش‌های نوین مولکولی در این راستا و جایگزینی آن با روش‌های سنتی ضروری به نظر می‌رسد.</span></span><br> &nbsp;</div> <div><span style="font-family:times new roman;"><strong>Background and Aims:</strong> <em>Salmonella Spp.</em> is one of the most common causes of bacterial gastroenteritis and foodborne diseases. More than 2500 serotypes of <em>Salmonella</em> have been identified which most of them cause infections in humans.<br> Phylogenetic analysis of the family Enterobacteriaceae has not been subjected to extensive variation based on 16S rRNA sequences. In fact 16S rRNA gene was not thought to solve taxonomic problems concerning closely related species because of its highly degree of conservation in own structure. So, 23S rRNA gene which has a potential to classified related strains under sub-species level were candidate to analysis of <em>Salmonella spp.</em><br> The aim of this study was to evaluate the clinical <em>Salmonella</em> strains&rsquo; relationship using<br> 23S rRNA gene sequence.<br> <strong>Materials and Methods: </strong>DNA of identified <em>Salmonella spp</em>. from patients with acute diarrhea was extracted. Sequences of 23S rRNA were determined after PCR tests. The whole gene sequences were used to generate phylogenetic trees based on Neighbor-joining method by MEGA 5.05 5.<br> <strong>Results: </strong>Helix (25 and 45) structures were detected in the most of different serotypes isolates. All <em>S.Typhi</em> included helix-25 in ribosomal structure, but in the other strains, helix-45 was also observed. The similarity between <em>Salmonella spp</em>. was 99-100% based on 23S rRNA.<br> <strong>&nbsp;Conclusions: </strong>23S rRNA gene sequence data was better to analyze at subspecies level and differentiation between serovars. According to variety in <em>Salmonella</em> serotypes based on difference in Anti gene O and H, application of new molecular methods and substituting them with traditional assays are needed.</span><br> &nbsp;</div> سالمونلا, فیلوژنی, تعیین توالی, 23S rRNA Salmonella, Phylogeny, Sequencing, 23S rRNA 239 247 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-1079-1&slc_lang=fa&sid=1 Mercedeh Tajbakhsh مرسده تاجبخش m_tajbakhsh@sbmu.ac.ir 100319475328460012524 100319475328460012524 Yes Foodborne and Waterborne Diseases Research Center, Research Institute for Gastroenterology and Liver Diseases, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran مرکز تحقیقات بیماری‌های منتقل از آب و غذا، پژوهشکده بیماری‌های گوارش و کبد دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران Mohammad reza Zali محمدرضا زالی mr.zali@gmail.com 100319475328460012525 100319475328460012525 No Foodborne and Waterborne Diseases Research Center, Research Institute for Gastroenterology and Liver Diseases, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran مرکز تحقیقات بیماری‌های منتقل از آب و غذا، پژوهشکده بیماری‌های گوارش و کبد دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران Fatemeh Fallah فاطمه فلاح fafallah@sbmu.ac.ir 100319475328460012526 100319475328460012526 No Pediatric Infections Research Center (PIRC), Research Institute for Children Health, Shahid Beheshti University of Medical Sciences,Tehran, Iran مرکز تحقیقات عفونی اطفال، پژوهشکده سلامت کودکان، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران