fa شناسایی مارکرهای ژنتیکی و پروتئینی سالمونلا انتریکا سرووار تیفی موریوم با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی با رویکرد تشخیص و درمان میکروب شناسی مولکولی Molecular Microbiology مقاله پژوهشی Original Research Article <p dir="RTL"><span style="font-family:iransans;"><span style="font-size:12px;"><strong>زمینه و اهداف:</strong> <em>سالمونلا</em><em> انتریکا سرووار</em><em> تیفی موریوم </em>یکی از علل شایع مسمومیت‌های غذایی در انسان می‌باشد. با توجه به این‌که انتخاب مارکرهای مناسب یکی از چالش‌های اصلی روش‌های تشخیصی ارائه‌شده برای این پاتوژن می‌باشد، در مطالعه حاضر، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، مارکرهای ژنتیکی این سرووار به‌عنوان اهداف تشخیصی مناسب غربال گردید. در فاز دوم کار، ساختار و عملکرد پروتئین‌های کد شده به‌وسیله این مارکرها تعیین شد.<br> <strong>مواد و روش کار: </strong>این مطالعه در سال ۹۶-۱۳۹۵ اجرا گردید. به‌منظور یافتن مارکرهای ژنی <em>سالمونلا تیفی موریوم</em>، ۴۵ ژنوم کامل سرووار <em>سالمونلا تیفی موریوم </em>و سایر جنس‌های خانواده <em>انتروباکتریاسه</em> با استفاده از نرم‌افزار <span dir="LTR">Mauve</span> مورد مقایسه قرار گرفتند. به‌منظور تعیین ساختار و عملکرد پروتئین‌های مربوط به این توالی‌ها به ترتیب از نرم‌افزارهای <span dir="LTR">I-TASSER</span> و <span dir="LTR">Phyre۲</span> برای مدل‌سازی ساختاری و از پایگاه‌ها و نرم‌افزارهای <span dir="LTR">CDD</span>، <span dir="LTR">InterProScan</span>، <span dir="LTR">DALI</span> و <span dir="LTR">ProFunc</span> برای تعیین عملکرد استفاده شد.<br> <strong>یافته‌ها: </strong>نواحی خاصی از ژن<strong><em><span dir="LTR">‌</span></em></strong>های <em><span dir="LTR">STM۴۴۹۱</span></em><strong><em><span dir="LTR">-</span></em></strong><em><span dir="LTR">STM۴۴۹۶</span></em> به‌عنوان مارکرهای اختصاصی <em>سالمونلا تیفی موریوم </em>تعیین شدند. عملکرد پروتئین<strong><em><span dir="LTR">‌</span></em></strong>های مربوط به این ژن<strong><em><span dir="LTR">‌</span></em></strong>ها در ۵ گروه شامل <em><span dir="LTR">Lon</span></em> پروتئازها، پروتئین<strong><em><span dir="LTR">‌</span></em></strong>های متصل شونده به نوکلئوتید، <em><span dir="LTR">NTPase</span></em> ها، پروتئین<strong><em><span dir="LTR">‌</span></em></strong>های درگیر در مسیر ترمیم <em><span dir="LTR">DNA</span></em> و <em><span dir="LTR">DNA</span></em> متیلازها پیش‌بینی شد.<br> <strong>نتیجه‌گیری</strong><strong><span dir="LTR">:</span></strong> نواحی اختصاصی از ژن<span dir="LTR">‌</span>های <em><span dir="LTR">STM۴۴۹۱-STM۴۴۹۶</span></em> می<span dir="LTR">‌</span>توانند به‌عنوان اهداف تشخیصی کارآمد برای شناسایی سرووار بیماری‌زای <em>سالمونلا تیفی موریوم </em>مورداستفاده قرار گیرند. علاوه بر این، پروتئین<span dir="LTR">‌</span>های کد شده به‌وسیله این مارکرها می<span dir="LTR">‌</span>توانند به‌عنوان اهدافی مناسب در طراحی عوامل درمانی جدید در پیشگیری و درمان عفونت<span dir="LTR">‌</span>های ناشی از این پاتوژن پیشنهاد شوند.</span></span><br> &nbsp;</p> <p><span style="font-family:times new roman;"><strong>Background and Aims: </strong><em>Salmonella enterica </em>serovar <em>Typhimurium</em> is one of the common causes of food poisoning in human. Since the selection of appropriate markers is one of the main challenges for the detection of this pathogen, in the current study, genetic markers of this serovar were screened using bioinformatical tools. In the second phase, structure and function of proteins encoded by these markers, were determined.<br> <strong>Materials and Methods: </strong>This study was conducted between 2016 and 2017. &nbsp;In order to find the genetic markers of <em>Salmonella enterica </em>serovar <em>Typhimurium</em>, 45 complete genomes belonging to <em>Salmonella enterica </em>serovar <em>Typhimurium</em> and the other genera of <em>Enterobacteriacea</em> family were compared using Mauve software. To determine the structure and function of proteins encoded by these sequences, I-TASSER and Phyre2 software beside CDD, Inter Pro Scan, DALI, and Pro Func databases were used for structural and functional modeling, respectively.<br> <strong>Results: </strong>Special regions of <em>STM4491</em>-<em>STM4496</em> genes were determined as specific markers for <em>Salmonella enterica </em>serovar <em>Typhimurium</em>. The function of proteins encoded by these markers &nbsp;were proposed to be classified in five groups, including Lon protease, nucleotide binding proteins, nucleotide three phosphatases (NTP), proteins involved in the DNA repair , and DNA methylase.<br> <strong>Conclusions: </strong>Specific regions of <em>STM4491</em>-<em>STM4496</em> genes can be used as effective diagnostic targets for the detection of pathogenic <em>Salmonella enterica </em>serovar <em>Typhimurium</em>. Moreover, proteins encoded by these genes can be suggested as suitable targets for the design of new therapeutic agents to prevent &nbsp;and treat &nbsp;the infections caused by this pathogen.</span><br> &nbsp;</p> سالمونلا تیفی موریوم, مارکرهای اختصاصی, مدلسازی ساختار پروتئین Salmonella typhimurium, Specific markers, Protein structure modeling 21 34 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-766-2&slc_lang=fa&sid=1 Mojdeh Amandadi مژده اماندادی amandadi.m2@gmail.com 100319475328460010805 100319475328460010805 No Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران Hadi Ravan هادی روان ravan@uk.ac.ir 100319475328460010806 100319475328460010806 Yes Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران Mehdi Hassanshahian مهدی حسن شاهیان hasanshahi@gmail.com 100319475328460010807 100319475328460010807 No Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران