fa تشخیص مولکولی سرووار بیماری‌زای سالمونلا انتریتیدیس به روش LAMP با استفاده از مارکر اختصاصی غربال‌شده به‌وسیله روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای میکروب شناسی مولکولی Molecular Microbiology مقاله پژوهشی Original Research Article <p dir="RTL"><strong>زمینه و اهداف:</strong> <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>یکی از شایع‌ترین علل گاستروانتریت می‌باشد که در موارد حاد می‌تواند منجر به سپتی‌سمی و یا حتی مرگ شود. در مطالعه حاضر با استفاده از روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای مارکرهای ژنی این سرووار غربال گردید و اختصاصی‌ترین مارکر با استفاده از روش <span dir="LTR">LAMP</span> برای شناسایی این پاتوژن مورد هدف قرار گرفت.</p> <p dir="RTL"><strong>مواد و روش کار: </strong>این مطالعه در سال 1394 صورت گرفت. بمنظور یافتن مارکرهای ژنی <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>، 50 ژنوم کامل از سویه‌های <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>و سایر جنس‌های خانواده <em>انتروباکتریاسه</em> با استفاده از روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای موردبررسی قرار گرفتند. مارکر اختصاصی غربال‌شده با طراحی 6 پرایمر اختصاصی و با استفاده از روش <span dir="LTR">LAMP</span> به‌منظور شناسایی سویه‌های <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>&nbsp;هدف قرار گرفت (سویه‌های باکتریایی مورد استفاده در این مطالعه از بیمارستان‌های جنوب شرق کشور جمع‌آوری گردید). کارایی روش <span dir="LTR">LAMP</span> برای شناسایی <em>سالمونلا انتریتیدیس</em> در نمونه‌های گوشت مرغ که بصورت مصنوعی به این باکتری آلوده ‌شده بودند، نیز مورد ارزیابی قرار گرفت.</p> <p dir="RTL"><strong>یافته‌ها: </strong>ژن <em><span dir="LTR">lygC</span></em> به‌عنوان اختصاصی‌ترین مارکر برای شناسایی سویه‌های <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>انتخاب شد. نتایج حاصل از روش <span dir="LTR">LAMP</span> اختصاصیت این مارکر را برای شناسایی ایزوله‌های <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>نشان داد. حساسیت این روش برای کشت خالص باکتری <span dir="LTR">CFU/reaction</span> 10 و برای نمونه‌های گوشت مرغ آلوده <span dir="LTR">CFU/mL</span> 10³در آغاز انکوباسیون و &nbsp;<span dir="LTR">CFU/mL</span> 10 بعد از 4 ساعت انکوباسیون ارزیابی گردید.</p> <p dir="RTL"><strong>نتیجه‌گیری</strong><strong><span dir="LTR">:</span></strong> پژوهش حاضر اثبات می‌کند که روش ژنومیک مقایسه‌ای روشی کارآمد برای شناسایی مارکرهای ژنی اختصاصی می‌باشد. همچنین روش <span dir="LTR">LAMP</span> حاضر می‌تواند یک ابزار قدرتمند، دقیق و ارزان جهت شناسایی <em>سالمونلا انتریتیدیس </em>در آزمایشگاه‌های کنترل کیفی مواد غذایی و تشخیص طبی باشد.</p> <p><strong>Background and Aim: </strong><em>Salmonella</em> <em>enteritidis</em> is one of the most common causes of gastroenteritis, and in acute cases may lead to septicemia and even death. In this study, genetic markers of serovar were screened by comparative genomic methods, and the most specific marker was targeted to identify this pathetic serover by LAMP method.</p> <p><strong>Materials and Methods: </strong>This study was done in 2016. To find genetic markers of<br> <em>S</em><em>. </em><em>enteritidis</em>, 50 complete genomes of <em>S</em><em>. </em><em>enteritidis</em> and other genera belonging to <em>Enterobacteriacea</em> family were compared by different comparative genomic methods. The specific marker was selected and targeted by the LAMP method using six special primers to demonstrate the feasibility of comparative genomic methods for screening specific genetic markers (The bacterial strains used in this study were collected from hospitals in the Southast of Iran). The efficiency of LAMP assay for the identification of this bacterium was also evaluated in artificially contaminated chicken meat samples.</p> <p><strong>Results: </strong><a name="OLE_LINK11"></a><a name="OLE_LINK12"><em>lygC</em></a> gene was selected as the most specific marker for detecting <em>S. enteritidis</em> strains. LAMP assay results showed that the selected gene is specific for detecting <em>S. enteritidis</em> isolates. The assay sensitivity was determined to be 10 CFU/reaction for pure bacterial culture, 10³CFU/mL for contaminated chicken meat samples without pre-enrichment, and 10 CFU/mL after a 4-h pre-enrichment.</p> <p><strong>Conclusions: </strong>The present study demonstrates that comparative genomic methods are efficient tools for the identification of specific genetic markers. Also, the present LAMP method could be used as a powerful, accurate and inexpensive tool for detecting <em>S. enteritidis</em> in food quality and clinical laboratories<strong><span dir="RTL">.</span></strong></p> سالمونلا انتریتیدیس , مارکر اختصاصی, ژنومیک مقایسه‌ای, روش LAMP Salmonella enteritidis, Specific Marker, Comparative genomic, LAMP assay 18 29 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-766-1&slc_lang=fa&sid=1 Hadi Ravan هادی روان ravan@uk.ac.ir 10031947532846008481 10031947532846008481 Yes Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران Mojdeh Amandadi مژده اماندادی amandadi.m2@gmail.com 10031947532846008482 10031947532846008482 No Department of Biology, Faculty of Science, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران