<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<journal>
<title>Iranian Journal of Medical Microbiology</title>
<title_fa>مجله میکروب شناسی پزشکی ایران</title_fa>
<short_title>Iran J Med Microbiol</short_title>
<subject>Medical Sciences</subject>
<web_url>http://ijmm.ir</web_url>
<journal_hbi_system_id>1</journal_hbi_system_id>
<journal_hbi_system_user>admin</journal_hbi_system_user>
<journal_id_issn>1735-8612</journal_id_issn>
<journal_id_issn_online>2345-4342</journal_id_issn_online>
<journal_id_pii>8</journal_id_pii>
<journal_id_doi>10.30699/ijmm</journal_id_doi>
<journal_id_iranmedex></journal_id_iranmedex>
<journal_id_magiran></journal_id_magiran>
<journal_id_sid>14</journal_id_sid>
<journal_id_nlai>8888</journal_id_nlai>
<journal_id_science>13</journal_id_science>
<language>en</language>
<pubdate>
	<type>jalali</type>
	<year>1393</year>
	<month>5</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<pubdate>
	<type>gregorian</type>
	<year>2014</year>
	<month>8</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<volume>8</volume>
<number>2</number>
<publish_type>online</publish_type>
<publish_edition>1</publish_edition>
<article_type>fulltext</article_type>
<articleset>
	<article>


	<language>fa</language>
	<article_id_doi></article_id_doi>
	<title_fa>جداسازی و شناسایی آسپرژیلوس فومیگاتوس در نمونه‌های لاواژ برونکوآلوئولار (BAL) مشکوک به سل به روش Nested-PCR</title_fa>
	<title>Detection and Identification of Aspergillus fumigatus in BAL Samples of Patients with Suspected Tuberculosis by Nested-PCR</title>
	<subject_fa>قارچ شناسی پزشکی</subject_fa>
	<subject>Medical Mycology</subject>
	<content_type_fa>مقاله پژوهشی</content_type_fa>
	<content_type>Original Research Article</content_type>
	<abstract_fa>&lt;div align=&quot;right&quot; style=&quot;direction: rtl&quot;&gt;
&lt;b&gt;زمینه و اهداف:&lt;/b&gt; &lt;i&gt;آسپرژیلوس فومیگاتوس&lt;/i&gt; عامل بیش از 90% آسپرژیلوزیس مهاجم حاد ریوی است. هدف از مطالعه حاضر شناسایی و ردیابی &lt;i&gt;آسپرژیلوس فومیگاتوس &lt;/i&gt;در نمونه‌های لاواژ برونکوآلوئولار (BAL) مشکوک به سل به روش Nested-PCR  است.
&lt;br&gt;&lt;b&gt;مواد و روش کار:&lt;/b&gt; در این بررسی، در طی 9 ماه در طول سال های 92-91 تعداد 100 نمونه BAL از بیماران بستری و مراجعه کننده به بیمارستان آموزشی در شمال تهران جمع آوری گردید، آزمایش مستقیم، کشت و PCR  بر روی نمونه های مورد مطالعه صورت گرفت، به منظور استخراج DNA از  روش دستی فنل –کلروفرم استفاده گردید. جهت انجام  Duplex PCR از پرایمرهای اختصاصی جنس آسپرژیلوس و پرایمرهای بتااکتین استفاده شد. به منظور شناسایی  گونه &lt;i&gt;آسپرژیلوس فومیگاتوس&lt;/i&gt; از یک جفت پرایمر داخلی(روش Nested-PCR ) و جهت تایید، تعدادی از محصولات PCR  تعیین توالی گردید.
&lt;br&gt;&lt;b&gt;یافته‌ها:&lt;/b&gt; به روش PCR آسپرژیلوس در 12 نمونه(12%) تشخیص داده شد، موارد مثبت در روش مستقیم و کشت به ترتیب 11% و 10% بود. حساسیت و اختصاصیت روش مولکولی PCR در مقایسه با آزمایش مستقیم به ترتیب 100% و 8/98%  بود. همچنین حساسیت و اختصاصیت این روش در مقایسه با کشت به ترتیب 100%  و  7/97%  محاسبه گردید. نتایج تعیین توالی تعدادی از محصولات  PCR وجود&lt;i&gt; آسپرژیلوس فومیگاتوس&lt;/i&gt; را تایید نمود.
&lt;br&gt;&lt;b&gt;نتیجه‌گیری:&lt;/b&gt; این مطالعه نشان داد که روش PCR، در مقایسه با روش مستقیم و کشت، حساسیت بالاتری در شناسایی و ردیابی آسپرژیلوس دارا می‌باشد، همچنین در نمونه های BAL مشکوک به سل می‌توان آسپرژیلوس ها و به ویژه &lt;i&gt;آسپرژیلوس فومیگاتوس&lt;/i&gt; را مدنظر قرار داد.

&lt;/div&gt;</abstract_fa>
	<abstract>&lt;b&gt;Background and Aim:&lt;/b&gt; &lt;i&gt;Aspergillus fumigatus&lt;/i&gt; is the cause of more than 90% of invasive pulmonary aspergillosis. The aim of this study is identification and detection of &lt;i&gt;A.fumigatus&lt;/i&gt; in bronchoalveolar lavage (BAL) samples patients suspected to have tuberculosis by using of Nested-PCR.
&lt;br&gt;&lt;b&gt;Materials and Methods:&lt;/b&gt; In this assay, a set of 100 BAL samples which were collected in 9 month, between the years 2012-2013, from patients with suspected tuberculosis in Tehran hospital, were examined by direct, culture and molecular tests. Manual phenol-chloroform method was used in order to extract DNA. Specific primers of Aspergillus genus and beta-actin primers were used for duplex-PCR. A pairs of internal primers were utilized in order to identification of&lt;i&gt; A.fumigatus&lt;/i&gt; (Nested-PCR method). Finally, some of the PCR-products were sequenced for confirming results.
&lt;br&gt;&lt;b&gt;Results:&lt;/b&gt; Overall, 12 samples (12%) were aspergillus-positive by molecular test while 11% and 10% samples were positive by direct and culture test, respectively. The sensitivities and specificities of PCR method compare with direct examination was 100% and 98.8%, respectively. The study also showed that sensitivities and specificities of PCR method compare with culture was 100% and 97.7%, respectively. After sequencing PCR product sample, isolated species were recognized as &lt;i&gt;A. fumigatus&lt;/i&gt;.
&lt;br&gt;&lt;b&gt;Conclusions:&lt;/b&gt; This study showed that PCR method in compare with the direct method and the culture has a higher sensitivity in the detection of Aspergillus species, also Present study displayed that can be consider Aspergillus species and &lt;i&gt;A. fumigatus&lt;/i&gt; in suspicious to tuberculosis BAL samples

</abstract>
	<keyword_fa>آسپرژیلوس فومیگاتوس , لاواژ برونکوآلوئولار , واکنش زنجیره پلیمرازی</keyword_fa>
	<keyword>Aspergillus fumigatus, Bronchoalveolar lavage (BAL), PCR</keyword>
	<start_page>14</start_page>
	<end_page>21</end_page>
	<web_url>http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-37-2&amp;slc_lang=fa&amp;sid=1</web_url>


<author_list>
	<author>
	<first_name>Farzaneh</first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Amini</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>فرزانه </first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>امینی</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email>amini@yahoo.com</email>
	<code>10031947532846003149</code>
	<orcid>10031947532846003149</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>1.	Depatment of Biology, Islamic Azad University, Varamin-pishva Branch, Tehran, Iran.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد پیشوا ورامین، تهران، ایران</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Hossein</first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Mirhendi</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>سید حسین</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>میرهندی</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email>mirhend@tums.ac.ir</email>
	<code>10031947532846003150</code>
	<orcid>10031947532846003150</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>2.	Department of Medical Parasitology and Mycology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه انگل شناسی و قارچ شناسی پزشکی، دانشکده بهداشت،  دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Reza</first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Kachuei</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>رضا</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>کچوئی</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email>kachueiz@yahoo.com</email>
	<code>10031947532846003151</code>
	<orcid>10031947532846003151</orcid>
	<coreauthor>Yes
</coreauthor>
	<affiliation>Molecular Biology Research Center,Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran</affiliation>
	<affiliation_fa>مرکز تحقیقات بیولوژی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه ا… (عج (، تهران، ایران</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Fatemeh</first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Noorbakhsh</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>فاطمه</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>نوربخش</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email>norbakhsh@yahoo.com</email>
	<code>10031947532846003152</code>
	<orcid>10031947532846003152</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>1.	Depatment of Biology, Islamic Azad University, Varamin-pishva Branch, Tehran, Iran.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد پیشوا ورامین، تهران، ایران</affiliation_fa>
	 </author>


</author_list>


	</article>
</articleset>
</journal>
