en بررسی جهش‌های ژنتیکی جدید در SARS-CoV-2: بینش در مورد تنوع ژنتیکی ویروسی و دینامیک تکاملی ویروس شناسی پزشکی Medical Virology مقاله پژوهشی Original Research Article <p style="font-style: normal; text-align: justify;"><span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">زمینه و اهداف:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;</span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA">هدف این مطالعه شناسایی SARS-CoV-۲ با استفاده از پرایمرهای طراحی شده سفارشی در PCR معمولی است. هدف قرار دادن ژن های RdRp، E و N و ارزیابی تنوع ژنتیکی ایزوله منطقه ای در مقایسه با سویه های جهانی بود.</span></span></span></span></span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">مواد و روش کار:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong></span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA">در شهر سلیمانی عراق، از سپتامبر ۲۰۲۰ تا سپتامبر ۲۰۲۱، ۲۰۰ نمونه نازوفارنکس مثبت جمع‌آوری شد و ۱۷ نوع شناخته شده با ژن S به‌طور تصادفی برای تعیین توالی ژن‌های RdRp، E و N انتخاب شدند. برای تسهیل توالی یابی، شش مجموعه آغازگر برای ژن RdRp (RdRp۱، RdRp۲، RdRp۳)، دو مجموعه برای ژن N (N۱، N۲)، و یک مجموعه برای ژن E طراحی شد.</span></span></span></span></span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">یافته ها:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;</span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA">۱۲ جهش در ژن RdRp شناسایی شد که شایع‌ترین جهش ۱۴۴۰۸C>T (P۳۲۳L) بود. در ژن N، یک جهش منحصر به فرد، ۲۸۹۷۷C>T (S۲۳۵F)، در هشت نمونه از انواع مختلف در کنار سایر جهش‌های نقطه‌ای تغییر دهنده اسید آمینه (۲۸۲۸۰-۲GAT>CTA و ۲۸۸۱-۳GGG>AAC) شناسایی شد. ژن E در دو نمونه جهش های تغییر دهنده اسید آمینه (S۶۸F و I۱۳L) را نشان داد. شایع ترین جهش، ۲۸۹۷۷C>T (S۲۳۵F)، در هشت نمونه نشان دهنده انواع آلفا، گاما و خوشه ۵ شناسایی شد.</span></span></span></span></span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">نتیجه‌گیری:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong></span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA">یک جهش جدید، به ویژه ۲۸۲۸۰-۲GAT>CTA، منجر به D۳L، به همراه سه جهش دیگر (۲۸۴۸۴G>A، ۲۹۱۲۹T>G، ۲۹۱۳۱T>C) که باعث جایگزینی اسیدهای آمینه (G۷۰S، N۲۸۴K، F۲۸۵) می شود، شناسایی شدند. ژن N. علاوه بر این، یک جهش منحصر به فرد در ۲۶۲۸۱ A>T در ژن E در نوع ووهان مشاهده شد.</span></span></span></span></span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">Background and Aim:</span></strong></span>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">The study aimed to detect SARS-CoV-2 using custom-designed primers in conventional PCR, targeting <i>RdRp, E</i>, and <i>N </i>genes, and assess regional isolate genetic diversity compared to global strains.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Materials and Methods:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">In Sulaimani City, Iraq, from September 2020 to September 2021, 200 positive nasopharyngeal samples were collected, and 17 known variants with the S gene were randomly selected for whole <i>RdRp, E, </i>and <i>N</i> gene sequencing. To facilitate sequencing, six primer sets were designed for the <i>RdRp</i> gene (<i>RdRp1, RdRp2, RdRp3</i>), two for the <i>N</i> gene (<i>N1, N2</i>), and one for the <i>E</i> gene.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Results:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Twelve mutations in the <i>RdRp</i> gene were identified, with the most common mutation being 14408C>T (P323L). In the <i>N</i> gene, a unique mutation, 28977C>T (S235F), was detected in eight samples of various variants alongside other amino acid-altering point mutations (28280-2GAT>CTA and 2881-3GGG>AAC). The <i>E</i> gene exhibited amino acid-altering mutations (S68F and I13L) in two samples. The most frequent mutation, 28977C>T (S235F), was identified in eight samples representing alpha, gamma, and cluster 5 variants.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Conclusion:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">A novel mutation, specifically 28280-2GAT>CTA, resulting in D3L, along with three other mutations (28484G>A, 29129T>G, 29131T>C) causing amino acid substitutions (G70S, N284K, F285L) were identified in the <i>N</i> gene. Additionally, a unique mutation at 26281 A>T in the <i>E</i> gene was observed in the Wuhan variant.</span></span></p> <p style="text-align: justify;"><p style="text-align: justify;"></p></p> <p style="text-align: justify;"><div></div></p> تنوع ژنتیکی, ژن E, ژن N, ژن RdRp, SARS-CoV-2 Genetic diversity, E gene, N gene, RdRp gene, SARS-CoV-2 520 532 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-2423-1&slc_lang=en&sid=1 Dara A. Tahir دارا آ. طهیر dara.tahir@yahoo.co.uk 100319475328460026842 0009-0002-9738-708X No Department of Biology, College of Science, University of Sulaimani, Al Sulaymaniyah, Iraq گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه سلیمانیه، السلیمانیه، عراق Sahand K. Arif سهند ک. عارف sehand.arif@univsul.edu.iq 100319475328460026843 100319475328460026843 Yes College of Health Sciences, University of Human Development, Al Sulaymaniyah, Iraq دانشکده علوم بهداشت، دانشگاه توسعه انسانی، سلیمانیه، عراق Zana H. Mahmood زانا اچ. محمود Z.Mahmood2@liverpool.ac.uk 100319475328460026844 100319475328460026844 No Department of Infection Biology & Microbiomes, Faculty of Health & Life Sciences, University of Liverpool, The United Kingdom گروه زیست شناسی عفونت و میکروبیوم ها، دانشکده بهداشت و علوم زیستی، دانشگاه لیورپول، انگلستان