Iranian Journal of Medical Microbiology

en شناسای دو درج جدید اسید آمینه در ژن هلیکوباکتر پیلوری rdxA در بیوپسی‌های پارافین معده Two Novel Amino Acid Insertions in the Helicobacter pylori rdxA Gene Detected in Gastric Paraffin Biopsies مقاومت پادزیستی (آنتی بیوتیکی) Antibiotic Resistance مقاله پژوهشی Original Research Article زمینه و اهداف:  بزرگترین مشکل در مدیریت بیماران مبتلا به عفونت هلیکوباکتر پیلوری مقاومت به داروی آنتی بیوتیک خط اول مترونیدازول است. چندین مکانیسم زمینه ساز مقاومت هلیکوباکتر پیلوری در برابر مترونیدازول است و یکی از آنها جهش در ژن rdxA است که پروتئین نیکوتین آمید آدنین دی نوکلئوتید فسفات (NADPH) را کد می کند. بنابراین، ما ژن rdxA تکثیر شده با PCR از بیوپسی های پارافین معده را مشخص کردیم. مواد و روش کار:  این یک مطالعه اکتشافی با استفاده از ۳۴ نمونه بیوپسی پارافین معده است که هلیکوباکتر پیلوری مثبت بودند در یک روش Real-time PCR. برای تجزیه و تحلیل ژن rdxA، ما PCR تودرتوی یک قطعه ژن را انجام دادیم و به دنبال آن توالی یابی DNA برای تجزیه و تحلیل تغییرات اسید آمینه و تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین انجام شد. یافته ها:  از ۳۴ نمونه بیوپسی پارافینی مثبت هلیکوباکتر پیلوری، ۵ مورد برای قطعه ژن rdxA مثبت بود. تجزیه و تحلیل تغییر اسید آمینه نشان داد که پروتئین NADPH دارای جایگزینی، درج، تغییر قاب و کدون های توقف زودرس است. دو درج اسید آمینه جدید پیدا شد. تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین نشان داد که پروتئین NADPH با جایگزینی دارای تغییرات اسید آمینه است و ۲ پاکت برای سایت های فعال تشکیل می دهد. پروتئین NAPDH با جایگزینی و ۲ درج جدید از دست دادن یک جیب را نشان داد. نتیجه‌گیری:  مطالعه حاضر در مورد تجزیه و تحلیل ژنتیکی ژن rdxA گزارش می‌دهد که تنوع توالی DNA را نشان می‌دهد. دو درج اسید آمینه در ژن NADPH یک یافته منحصر به فرد است و اثر آنها بر فنوتیپ مقاوم به آنتی باکتریال نیاز به بررسی در مطالعات آینده دارد. Background and Aim: The biggest problem in the management of patients with Helicobacter pylori infections is resistance to the first-line antibiotic drug metronidazole. Several mechanisms underlie the resistance of H. pylori to metronidazole, and one of them is mutations in the rdxA gene encoding the nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) protein. Therefore, we characterized the rdxA gene amplified by PCR from gastric paraffin biopsies. Materials and Methods: This is an explorative study using 34 gastric paraffin biopsies that were H. pylori positive in a real-time PCR assay. To analyze the rdxA gene, we conducted nested PCR of a gene fragment, followed by DNA sequencing to analyze amino acid changes and protein structure analysis. Results: Of the 34 H. pylori-positive paraffin biopsies, 5 were positive for the rdxA gene fragment. The amino acid change analysis showed that the NADPH protein had substitutions, insertions, frameshifts, and premature stop codons. Two novel amino acid insertions were found. The protein structure analysis showed that the NADPH protein with substitutions had amino acid changes forming 2 pockets for active sites. The NAPDH protein with substitutions and the 2 novel insertions showed the loss of one pocket. Conclusion: The present study reports on the genetic analysis of the rdxA gene showing DNA sequence diversity. Two amino acid insertions in the NADPH gene are a unique finding, and their effect on antibacterial-resistant phenotype needs to be investigated in future studies. <div></div> هلیکوباکتر پیلوری, rdxA, آمینو اسید, اینسرشن Helicobacter pylori, rdxA, Amino Acid, Insertion 41 48 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-2339-1&slc_lang=en&sid=1 Wilda Fadila ویلدا فادیلا wejustone@yahoo.com 100319475328460028020 100319475328460028020 No Department of Biomedical Sciences, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia گروه علوم زیست پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی Mardiastuti H. Wahid ماردیاستوتی اچ. وحید mardiastutiwahid@gmail.com 100319475328460028021 100319475328460028021 No Department of Microbiology, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia-Cipto Mangunkusumo Hospital, Jakarta, Indonesia گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی Fadilah Fadilah فادیله فادیله fadilah@gmail.com 100319475328460028022 100319475328460028022 No Department of Medical Chemistry, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia گروه شیمی پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی Rike Syahniar رایک سیاهنیار rikesyahniar@gmail.com 100319475328460028023 100319475328460028023 No Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Medicine and Health, Universitas Muhammadiyah, Jakarta, Indonesia گروه میکروب شناسی و انگل شناسی، دانشکده پزشکی و بهداشت، دانشگاه محمدیه، جاکارتا، اندونزی Ening Krisnuhoni انینگ کریسنوهونی ening.krisnuhoni@yahoo.com 100319475328460028024 100319475328460028024 No Department of Anatomic Pathology, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia-Cipto Mangunkusumo Hospital, Jakarta, Indonesia گروه آسیب شناسی تشریحی، دانشکده پزشکی، د بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی Andi Yasmon اندی یاسمون andiyasmon@gmail.com 100319475328460028025 100319475328460028025 Yes Department of Microbiology, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia-Cipto Mangunkusumo Hospital, Jakarta, Indonesia گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، بیمارستان سیبتو مانجونکوسومو، دانشگاه اندونزی، جاکارتا، اندونزی