Iranian Journal of Medical Microbiology

en بررسی میکروبیوم بزاقی از طریق متا ژنومیکس: مطالعه بالینی بر سلامت پریودنتال Investigating the Salivary Microbiome Through Meta-Genomics: A Clinical Study on Periodontal Health باکتری شناسی پزشکی Medical Bacteriology مقاله پژوهشی Original Research Article زمینه و اهداف:  بیماری های پریودنتال بیماری های بهداشتی دهان و دندان بسیار شایع با چالش‌های تشخیصی قابل توجه هستند. مطالعات بسیار کمی به ارزیابی میکروبی میکروبیوم بزاق به عنوان پلت فرم توسعه نشانگرهای زیستی پرداخته اند. هدف از این مطالعه بررسی فراوانی افتراقی گونه‌های میکروبی دهان در نمونه‌های بزاق بیماران مبتلا به بیماری پریودنتال و افراد سالم برای کشف بیومارکر تشخیصی مبتنی بر میکروبیوتای دهان بود. مواد و روش کار:  نمونه‌های بزاق از یک کوهورت با فنوتیپ خوب و تحت پروتکل تأیید شده توسط مؤسسه ملی تحقیقات دندان‌ پزشکی و جمجمه‌ صورتی توسط هیئت بررسی مؤسسه جمع‌آوری شد. DNA ژنومی از نمونه ها استخراج شد. پروفایل های میکروبیوتا با پردازش نواحی متغیر ژن ۱۶S rRNA با استفاده از توالی یابی نسل بعدی توسط پلت فرم Illumina MiSeq تولید شد. آزمایش فراوانی افتراقی با استفاده از DESeq۲ انجام شد. یکی از روش های خوشه بندی آزمون رتبه بندی در نقشه حرارتی به همراه فراوانی نسبی تاکسون ارائه شد. در نهایت، پروفایل متاژنومیکس انجام شد. یافته ها:  پورفیروموناس ژنژیوالیس و تانرلا فورسیتیا از نظر فراوانی افتراقی در نمونه‌های بزاق بیماران پریودنتال به‌طور معنی‌داری فراوان‌تر بودند. استرپتوکوک سانگوئینیس دارای پتانسیل به عنوان بیومارکر تشخیصی مبتنی بر میکروبیوتای دهانی مرتبط با بیماری است. یافته‌ها از نظر آماری معنی‌دار بودند و با یافته‌های مطالعات میکروبیوم دهان قبلی تأیید شدند. نتیجه‌گیری:  یافته‌های ما شواهدی را ارائه می‌دهد که میکروبیوم بزاقی می‌تواند منبع غنی بیومارکرهای تشخیصی باشد که در استراتژی‌های تشخیصی فعلی برای بیماری‌های پریودنتال مانند ژنژیویت و پریودنتیت وجود ندارد. این بیومارکرها نه تنها ممکن است پاتوژنز بیماری را روشن کنند، بلکه ما را به شناسایی اهداف مولکولی جدید برای بهبود درمان و مدیریت بیماری‌های پریودنتال هدایت کنند. Background and Aim: Periodontal diseases are highly prevalent oral health conditions with significant diagnostic challenges. Very few studies have addressed the microbial assessment of the salivary microbiome as biomarker development platform. The objective of this study was to investigate the differential abundance of the oral microbial taxa in the saliva samples of periodontal disease patients and healthy controls for oral microbiota-based diagnostic biomarker discovery. Materials and Methods: The saliva samples were collected from a well-phenotyped cohort under the National Institute of Dental and Craniofacial Research Institutional Review Board-approved protocol. Genomic DNA was extracted from the samples. Microbiota profiles were generated by processing variable regions of 16S rRNA gene using next-generation sequencing by Illumina MiSeq platform. Differential abundance testing was performed using DESeq2. One of the clustering methods of the rank-ration test was presented in the heat map, along with the relative taxon abundance. Finally, the metagenomics profiling was performed. Results: Porphyromonas gingivalis and Tannerella forsythia were significantly more abundant in the saliva samples of periodontal disease patients in terms of differential abundance. Streptococcus sanguinis has potential as negative disease-associated oral microbiota-based diagnostic biomarker. The findings were statistically significant and validated by the findings of previous oral microbiome studies. Conclusion: Our findings provide evidence that the salivary microbiome could be rich source of diagnostic biomarkers missing in the current diagnostic strategies for the periodontal diseases such as gingivitis and periodontitis. These biomarkers might not only shed light on the disease pathogenesis, but also lead us to identify new molecular targets for the improved treatment and management of the periodontal diseases. <div></div> DESeq2, متاژنومیکس, پورفیروموناس ژنژیوالیس, استرپتوکوکوس سانگوئینیس, تانرلا فورسیتیا DESeq2, Metagenomics, Porphyromonas gingivalis, Streptococcus sanguinis, Tannerella forsythia 97 105 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-2533-1&slc_lang=en&sid=1 Nuha Agab Hamed نهی عکاب حامد den.nuha.agab@uoanbar.edu.iq 100319475328460028516 100319475328460028516 Yes Department of Periodontics Dentistry, College of Dentistry, University of Anbar, Ramadi, Iraq گروه دندانپزشکی پریودنتیک، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه انبار، رمادی، عراق Mohammed Khudhur Abdljalel محمد خضر عبد الجلیل den.mka.jasim@uoanbar.edu.iq 100319475328460028517 100319475328460028517 No Department of Oral and Maxillofacial Dentistry, College of Dentistry, University of Anbar, Ramadi, Iraq گروه دندانپزشکی فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه انبار، رمادی، عراق Lamia Ibrahim Sood لمیاء ابراهیم سعود den.lamia.ibrahem@uoanbar.edu.iq 100319475328460028518 100319475328460028518 No Department of Pediatric Dentistry, College of Dentistry, University of Anbar, Ramadi, Iraq گروه دندانپزشکی کودکان، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه انبار، رمادی، عراق