Iranian Journal of Medical Microbiology

en تشخیص مولکولی کوکسیلا بورنتی در شیر بر اساس ژن های پلاسمید و ترانسپوزون Molecular diagnosis of Coxiella burnetii in milk based on Plasmid and Transposon Genes بیماری های مشترک انسان - دام Zoonoses Research مقاله پژوهشی Original Research Article زمینه و اهداف:  تمامی جدایه‌های کوکسیلا بورنتی دارای یکی از چهار پلاسمید بزرگ، حفاظت شده، تکثیرشونده مستقل یا یک توالی کروموزومی یکپارچه پلاسمید مانند هستند. مواد و روش کار:  در این مطالعه از سال ۱۳۹۹ تا ۱۴۰۰، تعداد کلی ۴۰۰ نمونه شیر به‌ طور تصادفی از نشخوارکنندگان اهلی (گاو، گوسفند، بز و گاومیش) در استان آذربایجان غربی جمع‌آوری شد. نمونه‌های شیر طی یک سال به‌صورت فصلی جمع‌آوری و همچنین سن حیوانات ثبت گردید. به منظور ردیابی ژنوم کوکسیلا بورنتی، از همه نمونه‌های شیر DNA استخراج شد. سپس برای تشخیص کوکسیلا بورنتی بر اساس ژن ترانسپوزونی IS۱۱۱۱ و پلاسمیدهایQpH۱)، QpRS، QpDV و (QpDG  با کمک پرایمرهای اختصاصی برای هر ژن از واکنش زنجیرهای پلیمراز آشیانه ای استفاده‌ شد. یافته ها:  در مجموع، از ۴۰۰ نمونه شیر گاو، گاومیش، گوسفند و بز براساس ژن IS۱۱۱۱، ۶۲ نمونه (۱۵.۵ درصد) (۹۵ درصد Cl: ۱۹.۴ -۱۲.۳ درصد) برای کوکسیلابورنتی مثبت بودند. از ۶۲ نمونه مثبت، ۱۶ نمونه (۲۵.۸ درصد)، (۹۵ درصد Cl: ۳۷.۹ -۱۶.۶درصد) حاوی ژن پلاسمید QpH۱ و ۵ نمونه (۸ درصد)، (۹۵ درصد Cl: ۱۷.۵ -۳.۵ درصد) دارای پلاسمید QpRS بودند. همچنین هفت نمونه(۳/۱۱درصد)، (۹۵درصد Cl: ۲۱.۵ - ۵.۶ درصد) برای QpDG و پنج نمونه (۸درصد)، (۹۵ درصد Cl: ۱۷.۵ - ۳.۵ درصد) مثبت برای ژن QpDV وجود داشت. این مطالعه نقش حیاتی پلاسمیدها را برای ماندگاری کوکسیلا بورنتی در شیر نشان می‌دهد و ابزاری را برای مطالعات ژنتیکی در کوکسیلابورنتی فراهم می‌کند. به نظر می‌رسد زنجیرهای پلیمراز آشیانهای با پرایمرهای اختصاصی پلاسمید، روشی مفید برای تشخیص پلاسمیدهای کوکسیلابورنتی در شیر باشد. علاوه بر این، نتایج آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که توالی‌های به دست آمده دارای شباهت ۱۰۰ درصدی هستند. درخت فیلوژنتیک ساخته شده بر اساس تجزیه و تحلیل پیوند همسایه ژن‌های جزئی نشان داد که ۲۰ جدایه نزدیک به هم قرار گرفتند که ۹۹.۹ درصد شباهت را نشان می‌دهد و می‌تواند یکسان در نظر گرفته شود. توالی ژن‌های به دست آمده با شماره‌های دسترسی موجود در NCBI ثبت شد. نتایج به‌دست‌آمده از ابزار اصلی جستجوی هم‌ترازی محلی (BLAST)  نیز ۱۰۰ درصد تشابه این توالی‌ها را با توالی‌های بیشتر در بانک ژن از منابع مختلف نشان داد. نتیجه‌گیری:  نتایج نشان داد که روش زنجیرهای پلیمراز آشیانه ای از حساسیت و دقت بالایی در تشخیص پلاسمیدهای کوکسیلا بورنتی برخوردار است. این روش می تواند روشی امیدوارکننده در تشخیص پلاسمیدهای کوکسیلا بورنتی باشد. همچنین می تواند یک روش سریع برای تشخیص سریع کوکسیلا بورنتی در نمونه های بالینی باشد. Background and Aim: All Coxiella burnetii isolates carry one of four large, conserved, autonomously replicating plasmids or a plasmid-like chromosomally integrated sequence. Materials and Methods: In Sulaimani City, Iraq, from September 2020 to September 2021, 200 positive nasopharyngeal samples were collected, and 17 known variants with the S gene were randomly selected for whole RdRp, E, and N gene sequencing. To facilitate sequencing, six primer sets were designed for the RdRp gene (RdRp1, RdRp2, RdRp3), two for the N gene (N1, N2), and one for the E gene. Results: In total, out of 400 milk samples collected from cow, buffalo, sheep, and goats based on the IS1111 gene, 62 (15.5%), (95% CI: 12.3%–19.4%) samples were positive for C. burnetii. Out of 62 positive samples, 16 (25.8%), (95% CI: 16.6%–37.9%) samples contained QpH1 plasmid gene and 5 (8%), (95% CI: 3.5%–17.5%) samples contained QpRS plasmid gene. Also, there were 7 (11.3%), (95% CI: 5.6%–21.5%) positive samples for QpDG and 5 (11.3%), (95% CI: 3.5%–17.5%) positive to QpDV gene. The Phylogenetic analysis of plasmid sequences showed that all obtained sequences have 100% similarity. A phylogenetic tree constructed based on neighbor-joining analysis of partial genes revealed that 20 sequenced isolates were closely clustered together showing 99.9% similarity which can be considered identical and also revealed the 100% similarly of these sequences with more sequences in the gene bank from different sources. Conclusion: Our results indicated that nested PCR has high sensitivity in detecting plasmids. <div></div> کوکسیلا بورنتی, پلاسمید, درختچه فیلوژنی, تب کیو, شیر Milk, Q fever, Coxiella burnetii, Plasmid, Transposon genes 550 558 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-2148-5&slc_lang=en&sid=1 Zahra Javadi زهرا جوادی z.javadi@urmia.ac.ir 100319475328460027237 100319475328460027237 No Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, Urmia University, Urmia, West Azerbaijan, Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران Abdolghaffar Ownagh عبدالغفار اونق a.ownagh@urmia.ac.ir 100319475328460027238 100319475328460027238 Yes Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, Urmia University, Urmia, West Azerbaijan, Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران