en مطالعه کل ژنوم بیماریزایی و مقاومت اسینتوباکتر بومانی مقاوم به کارباپنم میکروب شناسی مولکولی Molecular Microbiology مقاله پژوهشی Original Research Article <p style="font-style: normal; text-align: justify;"><span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">زمینه و اهداف:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;</span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><em>Acinetobacter baumannii</em> مقاوم به کارباپنم (CRAb) توانایی ایجاد و کسب مقاومت را دارد و آن را به یکی از مهم‌ترین پاتوژن‌های بیمارستانی در سطح جهان تبدیل می‌کند. فناوری توالی‌یابی کل ژنوم (WGS) برای نقشه‌برداری از ژن‌های مرتبط با مقاومت ضد میکروبی (AMR)، فاکتورهای ویروسی و شناسایی انواع توالی چند لوکوس (MLST) استفاده شد. به منظور درک مکانیسم مقاومت برای گونه <em>A. baumanni</em>i، این مطالعه به تعیین ساختار ژنتیکی گونه‌ها پرداخت.</span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">مواد و روش کار:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong></span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;">توالی یابی کل ژنوم (WGS) <em>A.b۴، A.b۴۹</em> و <em>A.b۷۵</em> با استفاده از Illumina MiSeq انجام شد و ژنوم ها با SPAdes مونتاژ شدند. ARG-ANNOT، CARD-RGI، VFDB، PHAST، PlasmidFinder برای تجزیه و تحلیل همه ژنوم ها استفاده شد.</span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">یافته ها:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;</span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;">تجزیه و تحلیل ژنوم نشان داد که Ab۴ متعلق به ST۹۴۴ است، نشان دهنده تک قلوهایی است که نمی توانند به هیچ کدام نسبت داده شوند، A.b۴۹ متعلق به ST۱۱۰۴ است، نشان دهنده ST منحصر به فرد است. در حالی که A.b۷۵ متعلق به ST۱۹۵ است که نشان دهنده کلون های بین المللی شناخته شده با خطر بالا است. وجود ۲۳ ژن مقاومت آنتی بیوتیکی در همه سویه های <em>A. baumannii.</em> ۱۲ مورد از آنها توسط هر ۳ سویه مشترک هستند و ۱۱ مورد بین A. baumannii ۴ (ST/۹۴۴)، ۴۹ (ST/۱۱۰۴) و ۷۵ (ST/۱۹۵) مشترک هستند. ژن‌های مشترک مقاومت دارویی که توسط هر ۳ سویه مشترک است عبارتند از bla OXA-۷۲ (مقاومت در برابر کارباپنم‌ها)، ژن‌های ade، RND (adeFJK، adeLN و adeR) و SMR (abeS) که برای پمپ‌های خروجی کد می‌کنند.</span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">نتیجه‌گیری:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong></span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;">ما تجزیه و تحلیل WGS از سه سویه <em>A. baumannii</em> متعلق به سه ST_s&nbsp;مختلف را ارائه می کنیم. وجود سویه‌هایی که حاوی ژن‌های اکتسابی AMR هستند، آنها را خطرناک‌تر می‌کند. ژن‌های مقاومت اکتسابی و جهش ژن کروموزومی مسیرهای موفقی برای انتشار عوامل تعیین‌کننده AMR در بین <em>A. baumannii</em> هستند. شناسایی AMR کروموزومی و کدگذاری شده با پلاسمید در ژنوم <em>A. baumannii</em> ممکن است به درک مکانیسم پشت بسیج ژنتیکی و گسترش ژن‌های AMR کمک کند.</span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="line-height:2;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">Background and Aim:</span></strong></span>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="background:white">Carbapenem-resistant&nbsp;<em>Acinetobacter baumannii</em>&nbsp;(CRAb) has ability to develop and acquire resistance makes it one of the most critical nosocomial pathogens globally. Whole genome sequemcing (WGS) technology was employed to map genes associated with antimicrobial resistance (AMR),virulene factors and to identify multilocus sequence types (MLST). In order to understand the resistance mechanism for <i>A. baumannii</i> species, this study set out to establish the genetic makeup of the species.</span></span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Materials and Methods:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Whole-genome sequencing (WGS) of <i>A.b</i>4,<i> A.b49</i> and <i>A.b</i>75 was performed using Illumina MiSeq and the genomes were assembled with SPAdes. ARG-ANNOT, CARD-RGI, VFDB, PHAST, PlasmidFinder were used to analyse all genomes.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Results:</span></span></strong> </span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Genome analysis revealed that Ab4 belongs to ST944, <span style="background:white">represented singletons that could not be attributed to any</span>, A.b49 belongs to ST1104,<span style="background:white"> represented unique ST</span>.While A.b75 belongs to ST195 <span style="background:white">which represented known international clones of high risk .</span>Molecular characterisation showed the presence 23 antibiotic resistance genes in all straines of <i>A. baumannii</i>.<span style="background:white"> 12 of them are shared by all 3 strains and 11 are common between <i>A</i>. <i>baumannii</i> 4(ST/944), 49 (ST/1104) and 75(ST/195). The common drug-resistance genes shared by all 3 strains include <i>bla</i>&nbsp;_OXA-72&nbsp;(resistance to carbapenems), <i>ade</i>&nbsp;genes, RND&nbsp;(<i>adeFJK</i>,&nbsp;<i>adeLN </i>&&nbsp;<i>adeR</i>), and SMR&nbsp;<i>&nbsp; </i>(<i>abeS</i>) encoding for efflux pumps.</span></span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Conclusion:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">We present WGS analysis of three <em>A. baumannii</em> strains belonging to three different STs. The presence of strains harboring acquired AMR genes makes them more dangerous. Acquired resistance genes and chromosomal gene mutation are successful routes for disseminating AMR determinants among <em>A</em>. <em>baumannii</em>. Identification of chromosomal and plasmid-encoded AMR in the genome of <em>A</em>. <em>baumannii</em> may help understand the mechanism behind the genetic mobilization and spread of AMR genes.</span></span></span></p> <p><p style="text-align: justify;"></p></p> <p style="text-align: justify;"><div></div></p> A. baumannii, مقاوم به کارباپنم, WGS, مقاومت آنتی بیوتیکی, صفات حدت, تایپ توالی چند جایگاهی (MLST) A. baumannii, carbapenem-resistant, WGS, antibiotic resistance, virulence traits, Multi-Locus Sequence Typing (MLST) 90 102 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-2043-1&slc_lang=en&sid=1 Rasha Hatem Shayea رشا حاتم شیاع rasha.jk.bio@gmail.com 100319475328460023839 100319475328460023839 Yes Department of Biology, College of Science, Mustansiriyah University, Baghdad, Iraq گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه مستنصریه، بغداد، عراق Munim Radwan Ali منعم رضوان علی 100319475328460023840 100319475328460023840 No Department of Biology, College of Science, Mustansiriyah University, Baghdad, Iraq گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه مستنصریه، بغداد، عراق