Iranian Journal of Medical Microbiology

en تشخیص سریع COVID-19 با تکنیک RT-LAMP PCR و مقایسه آن با روش Real-Time RT-PCR Rapid Detection of COVID-19 by RT-LAMP PCR Technique and its Comparison with Real-Time RT-PCR Method باکتری شناسی پزشکی Medical Bacteriology مقاله پژوهشی Original Research Article زمینه و اهداف:  این مطالعه با هدف تکثیر اسید نوکلئیک ایزوترمال برای شناسایی کووید-۱۹ انجام شد. مواد و روش کار:  در این مطالعه ۲۰۰ نمونه نازوفارنکس و اوروفارنکس از بیمارستان قلب جماران تهران جمع آوری شد. کووید-۱۹ توسط LAMP-RT PCR و Real-Time RT-PCR مورد بررسی قرار گرفت. نمونه‌ها هم با کیت استخراج RNA پیشتاز و هم نمونه‌ مستقیم بررسی شدند، اما نمونه‌های Real-Time RT-PCR تنها با استخراج RNA مورد آزمایش قرار گرفتند. مخلوط پروب-پرایمر این کیت با یک روش ژن هدف دوگانه طراحی شده است که به طور همزمان توالی های ژنومی ناحیه اسپایک و نوکلئوکپسید N را مورد هدف قرار می دهد. فلورسانس توسط Real-Time RT-PCR و LAMP-RT PCR اندازه گیری شد. یافته ها:  از این ۲۰۰ نمونه، ۱۱۲ نمونه بالینی توسط Real-Time RT-PCR مثبت گزارش شدند که میانگین Ct کمتر از ۳۰ مثبت و ۸۸ نمونه منفی بود. در واکنش RT-LAMP نمونه های استخراج RNA ژنومی، ۱۰۴ نمونه بالینی مثبت بودند. تکنیک RT-LAMP حساسیت ۹۲.۸ درصد را نشان داد. روش RT-LAMP بدون استخراج RNA دارای حساسیت ۸۵.۷ درصد بود. نتیجه‌گیری:  تکنیک LAMP به عنوان یک جایگزین مناسب برای روش Real-Time RT-PCR در حال ظهور است. این تکنیک دارای مزایای اساسی مانند دارا بودن دمای ثابت، حذف سیکل حرارتی، نتایج آزمایش سریعتر و ظرفیت تشخیص بالقوه بیشتر است، در حالی که با داشتن همان حساسیت و ویژگی تقریباً RT-PCR از این نظر، برای بیماری های همه گیر مناسب است. Background and Aim: Rapid antigen and antibody, serological tests, and RT ‑ PCR-based molecular methods are widely used to detect microorganisms worldwide. This study aimed to detect the covid-19 using Isothermal nucleic acid amplification techniques. Materials and Methods: In this study, we collected 200 samples of nasopharynx and oropharynx from Jamaran Heart Hospital in Tehran. Covid -19 was examined by LAMP-RT PCR and Real-Time RT- PCR techniques. The nasopharynx and oropharynx nucleic acids were extracted both by pishtaz RNA extraction kit. LAMP-RT-PCR was performed on direct samples, while Real-Time RT-PCR samples were tested only using RNA extraction samples. The probe-primer mixture of this kit was designed using a dual-target gene method that simultaneously targets the genomic sequences of the spike region and N nucleocapsid. Fluorescence was measured using Real-Time RT-PCR and LAMP-RT PCR. Results: Clinical specimens (56%) were positive using Real-Time RT-PCR technique, with mean Ct values less than 30. Clinical samples (52%) were positive for Covid-19 in the RT-LAMP technique of RNA extraction samples. RT-LAMP technique indicated a sensitivity of 92.8%. Also in the RT-LAMP method without RNA extraction, the sensitivity of the technique was 85.7%. Conclusion: The LAMP-RT PCR technique is emerging as an appropriate alternative to the Real-Time RT-PCR method. This technique has basic advantages, such as constant temperature amplification, thermal cycle elimination, faster results, and potentially greater detection capacity. Therefore, the RT-LAMP-PCR can be used as a quick and cost-effective technique that can be employed in all areas. <div></div> سریع, تشخیص, SARS-CoV-2, RT-LAMP, RT-PCR Real-Time-, مقایسه Rapid, Detection, SARS-CoV-2, RT-LAMP-PCR, Real-time RT-PCR 294 300 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-116-15&slc_lang=en&sid=1 Seyyed Mohammad Saeed Ghiasi سید محمد سعید غیاثی sa.gh5361@gmail.com 100319475328460025559 100319475328460025559 No Department of Cardiac Anesthesiology, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran گروه بیهوشی قلب، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله، تهران، ایران Narges Yadollahi Movahed نرگس یداللهی موحد nm13221@gmail.com 100319475328460025560 100319475328460025560 No Department of Laboratory Science, Qom Branch, Islamic Azad University, Qom, Iran گروه علوم آزمایشگاهی، واحد قم، دانشگاه آزاد اسلامی، قم، ایران Davoud Esmaeili داود اسماعیلی esm114@gmail.com 100319475328460025561 100319475328460025561 Yes Department of Microbiology and Applied Virology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran گروه میکروب شناسی و مرکز تحقیقات ویروس شناسی کاربردی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله، تهران، ایران