en آنالیز جهش‌های ناحیه RBD ویروس Sars-CoV-2 در استان خوزستان – مطالعه‌ای گذشته‌نگر (سال ۱۴۰۰) ژنتیک میکروبی Microbial Genetics مقاله پژوهشی Original Research Article <p style="font-style: normal; text-align: justify;"><span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">زمینه و اهداف:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;</span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="line-height:107%"><span lang="FA">از دلایل اصلی پاندمی کنونی، وقوع جهش در ناحیه اتصال گیرنده&nbsp;</span>(RBD)<span lang="FA">&nbsp;ویروس </span>Sars-CoV-۲ &nbsp;<span lang="FA">است که در اتصال به گیرنده </span>ACE۲<span lang="FA"> نقش دارد.</span></span></span></span></span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">مواد و روش کار:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong></span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="line-height:107%"><span lang="FA">سواب‌های اورو-نازوفارنکس از ۴۱ بیمار تایید شده بین شهریور ۱۳۹۹ تا خرداد ۱۴۰۰ برای آنالیز جهش‌های ناحیه </span>RBD&nbsp;<span lang="FA">ویروس </span>SARS-CoV-۲ <span lang="FA">در استان خوزستان گرد‌آوری شد.</span> <span lang="AR-SA">در این مطالعه </span><span lang="FA">توالی یابی دو جهته به کار گرفته شد و جهش ها با استفاده از چندین ابزار بیوانفورماتیک آنالیز شدند.</span></span></span></span></span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">یافته ها:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;</span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="line-height:107%"><span lang="FA">در مجموع ۳۵ جهش تک نوکلئوتیدی</span> <span lang="FA">در ۲۶ نمونه مشاهده شد. جهش‌های غیر مترادف تنها در موتیف اتصال گیرنده </span>(RBM)<span lang="FA"> رخ داده بود</span><span lang="FA"> که ۹۷ درصد از جهش‌های شناسایی‌شده را شامل می شد.</span> <span lang="FA">۳۷/۱۴ درصد از جهش های مشاهده شده </span>N۵۰۱Y<span lang="FA"> بود. </span>L۴۵۲R<span lang="FA">، </span>T۴۷۸K<span lang="FA">، و </span>S۴۷۷N<span lang="FA"> به ترتیب ۲۲/۸۶%، ۲۰% و ۱۱/۴۳% از جایگزینی های شناسایی شده را به خود اختصاص دادند.</span> S۴۷۷G<span lang="FA"> و </span>Y۴۴۹N<span lang="FA"> تنها در یک نمونه شناسایی شدند. تنها جایگزینی مترادف این مطالعه در </span>C۴۳۲ یک نمونه مشاهده شد. در این مطالعه مشخص شد که آذر ۱۳۹۹ و اردیبهشت ۱۴۰۰ می توانند به ترتیب زمان شیوع احتمالی گونه های آلفا و دلتا در استان خوزستان باشند. <span lang="FA">همچنین، در نمونه ای مربوط به آذر ۱۳۹۹، جهشی تشخیص داده شد که در میان واریانت‌های مورد علاقه و واریانت های نگران کننده فقط در واریانت اپسیلون وجود داشت.</span></span></span></span></span></span><br> <span class="sanspYW"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">نتیجه‌گیری:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong></span></span></span><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="line-height:107%"><span lang="FA">مطالعه ما وجود برخی جهش‌های مرتبط با </span><span lang="FA">واریانت امیکرون</span><span lang="FA"> را قبل از به وجود آمدن این واریانت، در استان خوزستان نشان داد.</span> <span lang="FA">علاوه بر این، احتمال ورود واریانت های تایید نشده مانند اپسیلون به ایران را تقویت کرد.</span> <span lang="FA">همچنین برای مطالعاتی که نیاز به آگاهی از واریانت های در گردش کشور دارند مرجعی ارائه کرد.</span></span></span></span></span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">Background and Aim:</span></strong></span>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">One of the main reasons for the ongoing pandemic is the substitutions in the Receptor binding domain (RBD), which is involved in binding to the ACE2 receptor.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Materials and Methods:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Oro-nasopharyngeal swabs were collected from 41 confirmed patients between September 2020 and May 2021 to analyze the mutations of SARS-CoV-2 RBD in Khuzestan Province. Bi-Directional sequencing was used, and Mutation analysis was performed using multiple Bioinformatics tools.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Results:</span></span></strong> </span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">A total of 35 Single nucleotide polymorphisms (SNPs) were observed in 26 samples. Nonsynonymous substitutions occurred only in the receptor-binding motif (RBM), which accounted for 97% of the detected mutations. 37.14% of observed mutations were N501Y. L452R, T478K, and S477N accounted for 22.86%, 20%, and 11.43% of detected substitutions, respectively. Subsequently, the S477G and Y449N were identified in only one sample. The only synonymous substitution of this study was observed in C432 of one sample. It was found that December 2020 and May 2021 could be the probable prevalence times of the Alpha and Delta variants in Khuzestan, respectively. Also, in a December 2020 sample, a mutation was detected that was only seen in Epsilon among the Variants of interest and Variants of concern.</span></span><br> <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Conclusion:</span></span></strong>&nbsp;</span></span><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Our study showed the existence of some Omicron-related mutations before the emergence of this variant in Khuzestan Province, Iran. In addition, it strengthened the possibility of unconfirmed variants, such as Epsilon entering Iran. It also provided a reference for studies that need to be aware of the circulating variants in Iran.</span></span></p> <p style="text-align: justify;"><p style="text-align: justify;"></p></p> <p style="text-align: justify;"><div></div></p> SARS-CoV-2, پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP), L452R, N501Y, T478K, دامنه اتصال گیرنده, ایران SARS-CoV-2, Single nucleotide polymorphism (SNP), L452R, N501Y, T478K, Receptor binding domain, Iran 194 201 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-1994-1&slc_lang=en&sid=1 Masoud Beheshti مسعود بهشتی masoudbeheshti8008@gmail.com 100319475328460024454 100319475328460024454 No Department of Virology, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran گروه ویروس شناسی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران Niloofar Neisi نیلوفر نیسی niloofarneisi@yahoo.com 100319475328460024455 100319475328460024455 Yes Department of Virology, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran گروه ویروس شناسی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران Mehdi Parsanahad مهدی پارسانهاد mehdiparsanahad@gmail.com 100319475328460024456 100319475328460024456 No Department of Virology, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran گروه ویروس شناسی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران Mojtaba Rasti مجتبی راستی mojtabarasti@yahoo.com 100319475328460024457 100319475328460024457 No Infectious and Tropical Diseases Research Center, Health Research Institute, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran مرکز تحقیقات بیماری های عفونی و گرمسیری، پژوهشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران Roya Pirmoradi رویا پیرمرادی royapirmoradi@yahoo.com 100319475328460024458 100319475328460024458 No Department of Virology, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran گروه ویروس شناسی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران