fa استخراج RNA از سلول های بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس میکروب شناسی مولکولی Molecular Microbiology مقاله پژوهشی Original Research Article <div align="right" style="direction: rtl"> <b>زمینه و اهداف:</b> استخراجRNA با کمیت و کیفیت مناسب جهتreverse transcriptas PCR ، هیبریدیزاسیون در نورترن بلاتینگ و آنالیز بیان ژن با Real Time PCR از اهمیت بسیاری برخوردار است. در بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس پلی ساکارید های خارج سلولی محلول و غیر محلول تولید شده مانع استخراج RNA می شوند. لذا، بدون کاربرد روش مناسب برای حذف این پلی ساکاریدها روش های مولکولی مبتنی بر RNA برای این باکتری ها مقدور نیست. هدف از این مطالعه استخراج RNA از سلول های بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس بود. <br><b>روش بررسی:</b> برای استخراج RNA از سلول های تشکیل دهنده بیوفیلم، استرپتوکوکوس موتانس ATCC35668 و یک سویه استرپتوکوکوس موتانس جداسازی شده از پلاک دندانی استفاده شد. پس از تشکیل بیوفیلم در پلیت های میکروتیتر پلی استیرنی 24 خانه ای استخراج RNA با 3 روش انجام شد. 1: روش معمول استخراج RNA از سلول های پلانکتونیک با محلول RNX-Plus(سیناژن). 2: کیت و دستگاه HYBAID Ribolyser و لوله های حاوی انواع دانه های شیشه ای، پلاستیکی و سرامیکی به منظور لیز بهتر سلول ها. 3: تلفیقی از دو روش محلولRNX-Plus ، دستگاه HYBAID Rybolyser و لوله های حاوی انواع دانه. میانگین نسبت جذب نوری در 260.280 نانومتر هر روش با نرم افزار excel و برآورد فاصله اطمینان توافقی از خطای استاندارد مقایسه شد.<br><b>یافته ها</b>: نتایج نشان داد روش معمول برای استخراج RNA (روش 1) از سلول های پلانکتونیک مناسب نیست. استفاده از دستگاه HYBAID ribolyser و لوله های حاوی دانه های شیشه ای، پلاستیکی و سرامیکی با شکل و اندازه متفاوت، حداکثر لیز سلولی را بدون آسیب به RNA ایجاد کرد. در روش های 2 و 3 (دستگاه HYBAID ribolyser به تنهایی و همراه با محلول RNX-Plus) میانگین نسبت جذب نوری حاصل از RNA استخراج شده تفاوت معنی دار آماری با روش معمول (روش 1) نشان داد (P<0.05 ). <br><b>نتیجه گیری:</b> فناوری های مناسب در حذف پلی ساکاریدها و ایجاد حداکثر لیز سلولی موثرتر از روش های معمول استخراج RNA از سلول های بیوفیلم است. اما، استفاده از دستگاه و محلول تجاری RNX plus(روش سوم) به دلیل استفاده از محلول های ارزان تر و قابل دسترس مناسب تر است </div> <b>Background and Objectives</b>: RNA extraction with efficient quality and quantity is very important for RT PCR, hybridization on northern blotting and gene expression analysis by real time PCR. Soluble and insoluble extracellular polysaccharides in Streptococcus mutans biofilm cells interfere with RNA extraction procedures. Therefore, finding efficient methods for polysaccharide removal, RNA extraction and purification is necessary for RNA based molecular research. The aim of present study was to evaluate the efficary of a few methods in RNA extraction from Streptococcus mutans. <br><b>Materials and Methods:</b> In this research we used Streptococcus mutans ATCC 35668 and one clinical isolate of S. mutans from dental plaque. RNA extraction was carried out from biofilms form in 24 well polystyrene microtiter plate using 3 methods. 1: Routine method for RNA extraction from planktonic cells with RNX-Plus solution (Cinagen), 2: Using HYBAID ribolyser Kit, instrument and tubes containing pearls. 3: Using HYBAID ribolyser instrument and RNX-Plus solution. Finally, determination of the isolated RNA purity and integrity was done. <br><b>Results:</b> The results showed that RNA extraction from biofilm cells of S. mutansis challenging because of extracellular polysaccharides and the current RNA isolation protocols from planktonic cells (eg. protocol 1) are not suitable for biofilm cells. For this reason,we used HYBAID ribolyser instrument and tubes containing glass and plastic pearls with different size and shapes for maximum cell lysis without disturbing the RNA.The mean photo absorbtion from extracted RNA in latter methods showed statistical significant difference compared to current in-use method (P< 0.05). <br><b>Conclusion:</b> RNA extraction from S.mutans biofilm cells needs techniques with maximum Polysaccharide removal and maximum cell lysis without disturbing the RNA. The 2 nd and 3 rd methods were more effective than 1 st one.The 3 rd protocol is recommended due to it`s lower cost. استخراجRNA ، استرپتوکوکوس موتانس، بیوفیلم RNA extraction, Streptococcus mutans, biofilm 9 14 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-1-136&slc_lang=fa&sid=1 Arezoo Tahmourespour آرزو طهمورث پور arezootahmourespour@gmail.com 1003194753284600717 1003194753284600717 Yes Department of Microbiology , Basic medical science faculty ,Islamic Azad University, Khorasgan branch, Isfahan گروه میکروب شناسی، دانشکده علوم پایه پزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد خوراسگان اصفهان Rasoul Salehi رسول صالحی 1003194753284600718 1003194753284600718 No Department of Genetics , Basic medical science faculty , Isfahan University of Medical Sciences Department of Genetics , Basic medical science faculty , Isfahan University of Medical Sciences Roha kermanshahi روحا کسری کرمانشاهی 1003194753284600719 1003194753284600719 No Department of Microbiology , Biology faculty, Alzahra University, Tehran Department of Microbiology , Biology faculty, Alzahra University, Tehran Gilda Eslami گیلدا اسلامی 1003194753284600720 1003194753284600720 No Department of Parasitoligy , Basic medical science faculty -Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd Department of Parasitoligy , Basic medical science faculty -Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd