en توالی‌یابی کامل ژنوم انتروکوکوس فاسیوم EntfacYE بالینی مقاوم به آنتی بیوتیک باکتری شناسی پزشکی Medical Bacteriology مقاله پژوهشی Original Research Article <p style="font-style: normal; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">زمینه و اهداف:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;عفونت‌های انتروکوکی از شایع‌ترین عفونت‌های بیمارستانی محسوب می‌شوند. امروزه انتروکوک‌ها نسبت به آنتی بیوتیک‌های رایج به ویژه ونکومایسین مقاومت بالایی از خود نشان می‌دهند. انتروکوکوس فاسیوم (<em><span dir="LTR">Enterococcus faecium</span></em>) مقاوم به ونکومایسین یکی از شایع‌ترین عفونت‌های بیمارستانی است که در فهرست پاتوژن‌های اولویت‌دار سازمان بهداشت جهانی برای تحقیق و توسعه آنتی بیوتیک‌های جدید قرار دارد. در این پژوهش، ما برروی ژنوم انتروکوکوس فاسیوم <span dir="LTR">&nbsp;EntfacYE</span>و ژن‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک آن متمرکز شدیم تا دلایلی را که باعث مقاومت این باکتری در برابر آنتی‌بیوتیک‌ها شده‌است، دریابیم.<br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">مواد و روش کار:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong>در این مطالعه، یک سویه انتروکوکوس فاسیوم <span dir="LTR">EntfacYE</span> مقاوم به چند دارو از نمونه خون انسان جدا شد. سویه انتروکوکوس فاسیوم جدا شده با استفاده از توالی‌یابی جزئی فاکتور افزایش طول باکتری <span dir="LTR">Tu</span> به روش سنگر تایید شد. سویه <span dir="LTR">EntfacYE</span> از نظر مقاومت آنتی بیوتیکی بررسی شد و ژنوم باکتری استخراج و توالی یابی کامل گردید. ژنوم توالی‌یابی شده آنالیز شد و ژن‌ها در بانک داده‌های <span dir="LTR">DNA</span> ژاپن ثبت شدند.<br> <span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">یافته ها:&nbsp;</span></strong></span>&nbsp;در مجموع، زیرسیستم‌های ژنومی <span dir="LTR">EntfacYE</span> شامل ۲۳ دسته مختلف با ۵۹ ژن متعلق به ژن‌های مقاومت ضد میکروبی بود، به‌طوری‌که ۴۹ ژن مقاومت آنتی‌بیوتیکی دارای زیرسیستم‌های خاص و ده ژن فاقد زیرسیستم‌های خاص بودند. علاوه بر این، ژن‌های مقاومت به کادمیوم، کبالت، مس، روی و جیوه در ژنوم <span dir="LTR">EntfacYE</span> شناسایی شدند.<br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">نتیجه‌گیری:&nbsp;</span></span>&nbsp;</strong>در نتیجه، مطالعات روی ژنوم باکتری‌ها به محققان کمک می‌کند تا ویژگی‌های پاتوژن‌های رایج، از جمله ژن‌های حدت و مقاومت در برابر آنتی بیوتیک را شناسایی کنند و از این رو، با درک پاتوژنز باکتری‌ها، راه حل‌های جدیدی برای درمان عفونت‌های رایج ارائه کنند.</span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">Background and Objective:</span></strong></span>&nbsp;Enterococcal infections are considered the most common nosocomial infections. Nowadays, enterococci show high resistance to common antibiotics, especially vancomycin. Vancomycin-resistant <em>Enterococcus faecium</em> is one of the most common nosocomial infections, which is included in the World Health Organization priority pathogens list for research and development of new antibiotics. In this case, we focused on the <em>E. faecium</em> EntfacYE genome and its antibiotic-resistant genes to understand the reasons that caused this bacteria to be resistant to antibiotics.<br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#16a085;">Materials and Methods:</span></span>&nbsp;</strong>In total, 25 enterococcal samples were isolated from patients&#39; blood. Bacteriophages were isolated on a multidrug-resistant Enterococcus faecium EntfacYE in our previous study. In this study, the isolated <em>E. faecium</em> EntfacYE strain was verified using Sanger partial sequencing of the bacterial elongation factor Tu. EntfacYE strain was assessed for antibiotic resistance, and the bacterial genome was extracted and completely sequenced. The sequenced genome was analyzed, and the genes were annotated in the DNA Data Bank of Japan.<br> <span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">Results:</span></strong></span>&nbsp;Totally, EntfacYE genome subsystems included 23 various categories with 59 genes belonging to antimicrobial resistance genes, such a way that 49 antibiotic resistance genes were included in specific subsystems, while ten genes lacked specific subsystems. Moreover, cadmium, cobalt, copper, zinc, and mercury resistance genes were identified in the EntfacYE genome.<br> <span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#16a085;">Conclusion:</span></strong></span>&nbsp;In conclusion, studies on bacterial genomes help researchers to identify characteristics of common pathogens, including virulence and antibiotic-resistance genes, and hence better understand bacterial pathogenesis to provide novel solutions for the treatment of common infections.</span></span></p> <div><div></div></div> توالی‌یابی کامل ژنوم, انتروکوکوس فاسیوم, مقاومت آنتی بیوتیکی, نمونه بالینی Antibiotic resistance, Clinical sample, Enterococcus faecium, Whole-genome Sequencing 692 699 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-1622-2&slc_lang=en&sid=1 Yara Elahi یارا الهی y_elahi@yahoo.com 100319475328460018445 100319475328460018445 No Department of Genetics, Faculty of Life Sciences, Islamic Azad University Tehran North Branch, Tehran, Iran گروه ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران-شمال، تهران، ایران Golshid Javdani Shahedin گلشید جاودانی شاهدین vetjavdani@yahoo.com 100319475328460018446 100319475328460018446 No Pasteur Institute, Tehran, Iran انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران Ahmad Nejati احمد نجاتی nejati_ahmad@yahoo.com 100319475328460018447 100319475328460018447 No Department of Virology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran گروه ویروس شناسی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Iradj Ashrafi ایرج اشرافی Iradjashrafi@gmail.com 100319475328460018448 100319475328460018448 No Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران Mahla Asadian مهلا اسدیان asadian.mahla@yahoo.com 100319475328460018449 100319475328460018449 No Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Ramin Mazaheri Nezhad Fard رامین مظاهری نژاد فرد raminmazaheri@gmail.com 100319475328460018450 100319475328460018450 Yes Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران