fa بررسی داروهای ضد ویروسی با تأثیر بر RNA پلیمراز و شبیه سازی اتصال آنها به RNA پلیمراز وابسته به RNA در SARS-CoV-2 به روش داکینگ مولکولی بیوانفورماتیک میکروبی Microbial Bioinformatics مقاله پژوهشی Original Research Article <p style="font-style: normal; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:IRANsans;"><strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#008080;">زمینه و اهداف:</span></span> </strong>به دنبال شیوع SARS-CoV (سندرم شدید و حاد تنفسی کروناویروس) در سال ۲۰۰۲ و شیوع سندرم تنفسی کرونا ویروس خاورمیانه (MERS-CoV) در سال ۲۰۱۲ ، با گسترش سریع کرونا ویروس جدید کرونا (COVID-۱۹) در سال ۲۰۱۹ روبرو هستیم.تعدد شیوع ویروس و همچنین گستردگی شیوع آن نیازمند طراحی دارو و واکسن در کمترین زمان ممکن دارد. این امر امکان پذیر نیست مگر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک. در این مطالعه ، اتصال داروهای مؤثر بر RNA پلیمراز به ساختار RNA پلی مراز وابسته به RNA &nbsp;متعلق بهSARS-CoV-۲ با روش داکینگ مولکولی، شبیه سازی گردیده است.<br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#008080;">مواد و روش کار:</span></span> </strong>ساختار داروهای مورد استفاده در درمان COVID-۱۹ و ساختارهای مشابه آنها از بانک اطلاعاتی drugbank دریافت شده است. سپس توسط نرم افزار AutoDock Vina ، داکینگ مولکولی انجام گرفت. ساختار دارویی که منفی ترین انرژی پیوند را داشت، در جایگاه اختصاصی تر، دوباره داک شد. سرانجام ، اسیدهای آمینه درگیر در اتصال توسط نرم افزار Discovery Studio &nbsp;مورد بررسی قرار گرفت.<span style="font-size:9.0pt;"></span><br> <span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#008080;">یافته‌ها</span></strong><span style="background-color:#008080;">:</span></span> در شرایط کامپیوتری(insillico)، دارویRifabutin &nbsp;بهترین عملکرد را برای اتصال به RNA پلی مراز وابسته به RNA متعلق بهSARS-CoV-۲ &nbsp;داشت و محل اتصال مشخص شده برای این دارو با محل اتصال نشان داده شده در پایگاه داده PDB متفاوت بود.<br> <span style="color:#ffffff;"><strong><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="background-color:#008080;">نتیجه‌گیری:</span></span></strong></span> تحقیقات بیشتر در مورد Rifabutin می تواند کلید اصلی کشف داروهای جدید برای COVID-۱۹ باشد.</span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="color:#ffffff;"><strong><span style="background-color:#008080;">Background:</span></strong></span> Following the outbreak of SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus) in 2002 and the outbreak of Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) in 2012, we are facing the rapid spread of SARS-CoV-2 (COVID-19) in the world in 2019. Several outbreaks of the virus and its widespread prevalence have necessitated the design of drugs and vaccines in the shortest possible time. This is not possible except by using bioinformatics tools. In this study, the binding of drugs affecting RNA Polymerases to SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase structure was simulated by molecular docking method.<br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#008080;">Materials & Methods:</span></span></strong> The structure of drugs used to treat COVID-19 and their similar structures from the drugbank database received. It was then subjected to molecular docking by AutoDock Vina software, and the structure with the most negative affinity was docked to reconsider its connection location. Finally, the amino acids involved in binding were investigated by Discovery Studio software.<span dir="RTL"></span><br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#008080;">Results:</span></span> </strong>In the test with in silico status, the Rifabutin had the best performance for SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase binding, and the binding site identified for this drug was different from the binding site shown in the PDB database.<br> <strong><span style="color:#ffffff;"><span style="background-color:#008080;">Conclusion:</span></span> </strong>Further research on the Rifabutin could be the key to discovering new drugs for COVID-19.</span></span></p> COVID-19,SARS-CoV-2,Molecular docking,Structural bioinformatics COVID-19, SARS-CoV-2, Molecular docking, Structural bioinformatics, Rifabutin 342 347 http://ijmm.ir/browse.php?a_code=A-10-1343-1&slc_lang=fa&sid=1 Mohammad Hossein Heydargoy محمدحسین حیدرگوی heydoc92@gmail.com 100319475328460015431 0000000171590042 Yes Microbiology Department, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Shahr-e-Qods Branch, Tehran, Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهر قدس، تهران، ایران