[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: آرشیو مجله :: ارسال مقاله :: ثبت نام :: جستجو :: تماس با ما ::
:: سال 11، شماره 3 - ( مرداد - شهریور 1396 ) ::
جلد 11 شماره 3 صفحات 37-48 برگشت به فهرست نسخه ها
طراحی بیوانفورماتیکی و ساخت ژن کایمر دربردارنده زیر واحد B کلراتوکسین و زیر واحد A پیلی ویبریو کلرا
میلاد عامریان1، شهرام نظریان 2، حسین هنری1، محمد ابراهیم مینایی1، عماد کردبچه1
1- مرکز تحقیقات زیست‌شناسی، دانشکده و پژوهشکده علوم پایه، دانشگاه جامع امام حسین (ع)، تهران، ایران
2- مرکز تحقیقات زیست‌شناسی، دانشکده و پژوهشکده علوم پایه، دانشگاه جامع امام حسین (ع)، تهران، ایران ، nazarian56@gmail.com
چکیده:   (303 مشاهده)

زمینه و اهداف: وبا بیماری خطرناکی است که توسط ویبریو کلرا ایجاد می‌شود. فاکتور کلونیزاسیون پیلی Toxin-coregulated pili A (tcpA) و توکسین کلرا مهم‌ترین عوامل بیماری‌زایی ویبریوکلرا می‌باشند. زیر واحد B انتروتوکسین  Cholera toxin subunit B (ctxB)مسئول اتصال سم به سلول یوکاریوتی است و tcpA که برای کلونیزاسیون باکتری ضروری است، ویژگی‌های ایمونوژنیک دارند. پروتئین‌های کایمر دربردارنده اپی توپ و ادجوانت، می‌توانند سبب افزایش خاصیت ایمونوژنیسیتی پروتئین‌ها شوند و سبب بروز پاسخ‌های ایمنی گردند. هدف از تحقیق طراحی ایمنوژن کایمر علیه فاکتورهای اتصال و توکسین ویبریو کلرا بود.
مواد و روش کار: ژن ctxB و tcpA به لحاظ وجود کدون‌های نادر  در سال 95 مورد بررسی قرار گرفتند و بهینه‌سازی ژن‌ها انجام شد. نیمه‌عمر و شاخص ناپایداری پروتئین تعیین گردید. ساختارهای دوم و سوم پروتئین پیش‌بینی و ارزیابی شد. اپی توپ‌های خطی و فضایی نیز تعیین گردید. پلاسیمد نوترکیب به سلول‌های مستعد منتقل و بیان پروتئین با استفاده از  IPTG القا گردید. بیان پروتئین با روش SDS-PAGE وسترن بلاتینگ ارزیابی شد.
یافته‌ها: شاخص ناپایداری پروتئین کایمر 24/04 بود. شاخص سازگاری کدون سازه کایمر به 0/9 افزایش یافت. ساختار سوم پیش‌بینی‌شده نیز کیفیت مناسبی را داشت و mRNA آن نیز پایدار بود. اپی توپ‌های فضایی و خطی در هر دو دومین پروتئین کایمر دیده شد. آنالیز همسانه سازی، پلاسمید نوترکیب واجد ژن کایمر را تائید کرد. بیان پروتئین نوترکیب از ژن سنتزی منجر به تولید پروتئینی با وزن 37 کیلو دالتون شد.
نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج بررسی‌های بیوانفورماتیکی و بیان پروتئین نوترکیب می‌توان از آن به‌عنوان ایمونوژن جهت بررسی‌های ایمنی علیه وبا استفاده شود.

 

واژه‌های کلیدی: ویبریوکلرا، فاکتورهای ویرولانس، کلرا توکسین، طراحی بیوانفوراتیکی، ژن کایمر
متن کامل [PDF 1027 kb]   (241 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: میکروب شناسی مولکولی
فهرست منابع
1. Sanchez J, Holmgren J. Cholera toxin structure, gene regulation and pathophysiological and immunological aspects. Cellular and Molecular Life Sciences 2008;65(9):1347-60.
2. Mousavi SL, Nazarian S, Amani J, Karimi Rahgerdi A. Rapid screening of toxigenic vibrio cholerae O1 strains from south Iran by PCR-ELISA. Iranian biomedical journal 2008;12(1):15-21.
3. Mandal S, Mandal MD, Pal NK. Cholera: a great global concern. Asian Pacific journal of tropical medicine 2011;4(7):573-80.
4. Nazarian S, Arefpour M, Bagheripour M, Olad G. Bioinformatical Study and Evaluation of Expression of Cholera Toxin Subunit B Optimized Gene as a Vaccine Candidate. J Isfahan Med Sch 2014;32(279):378-87.
5. Mousavi SL, Rasooli I, Nazarian S, Amani J. Simultaneous detection of Escherichia coli O157: H7, toxigenic Vibrio cholerae, and Salmonella typhimurium by multiplex PCR. Archives of Clinical Infectious Diseases 2009;4(2):97-103.
6. Sánchez J, Holmgren J. Cholera toxin-a foe & a friend. Indian Journal of Medical Research 2011;133(2):153.
7. Bharati K, Ganguly NK. Cholera toxin: a paradigm of a multifunctional protein. Indian Journal of Medical Research 2011;133(2):179.
8. Faruque SM, Albert MJ, Mekalanos JJ. Epidemiology, Genetics, and Ecology of ToxigenicVibrio cholerae. Microbiology and molecular biology reviews 1998;62(4):1301-14.
9. Banerjee R, Das B, Nair GB, Basak S. Dynamics in genome evolution of Vibrio cholerae. Infection, Genetics and Evolution 2014;23:32-41.
10. Baldauf KJ, Royal JM, Hamorsky KT, Matoba N. Cholera toxin B: one subunit with many pharmaceutical applications. Toxins 2015;7(3):974-96.
11. Taylor RK, Miller VL, Furlong DB, Mekalanos JJ. Use of phoA gene fusions to identify a pilus colonization factor coordinately regulated with cholera toxin. Proceedings of the National Academy of Sciences 1987;84(9):2833-7.
12. Viel T, Dransart E, Nemati F, Henry E, Thézé B, Decaudin D, et al. In vivo tumor targeting by the B-subunit of shiga toxin. Molecular imaging 2008;7(6):7290.2008. 00022.
13. Johansson E-L, Bergquist C, Edebo A, Johansson C, Svennerholm A-M. Comparison of different routes of vaccination for eliciting antibody responses in the human stomach. Vaccine 2004;22(8):984-90.
14. Kundu J, Mazumder R, Srivastava R, Srivastava BS. Intranasal immunization with recombinant toxin-coregulated pilus and cholera toxin B subunit protects rabbits against Vibrio cholerae O1 challenge. FEMS Immunology & Medical Microbiology 2009;56(2):179-84.
15. Childers BM, Klose KE. Regulation of virulence in Vibrio cholerae: the ToxR regulon. Future Microbiology 2007; 2(3):335-44.
16. Odumosu O, Nicholas D, Yano H, Langridge W. AB toxins: a paradigm switch from deadly to desirable. Toxins 2010;2(7):1612-45.
17. Abraham E, Wunderink R, Silverman H, Perl TM, Nasraway S, Levy H, et al. Efficacy and safety of monoclonal antibody to human tumor necrosis factor α in patients with sepsis syndrome: a randomized, controlled, double-blind, multicenter clinical trial. Jama 1995;273(12):934-41.
18. Shen My, Sali A. Statistical potential for assessment and prediction of protein structures. Protein science 2006;15(11):2507-24.
19. Nazarian S, Gargari SLM, Rasooli I, Amani J, Bagheri S, Alerasool M. An in silico chimeric multi subunit vaccine targeting virulence factors of enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) with its bacterial inbuilt adjuvant. Journal of microbiological methods 2012;90(1):36-45.
20. Puigbo P, Guzman E, Romeu A, Garcia-Vallve S. OPTIMIZER: a web server for optimizing the codon usage of DNA sequences. Nucleic acids research 2007;35(suppl 2):W126-W31.
21. Doytchinova IA, Flower DR. VaxiJen: a server for prediction of protective antigens, tumour antigens and subunit vaccines. BMC bioinformatics 2007;8(1):4.
22. Patwary NIA, Islam MS, Sohel M, Ara I, Sikder MOF, Shahik SM. In silico structure analysis and epitope prediction of E3 CR1-beta protein of Human Adenovirus E for vaccine design. Biomedical Journal 2016;39(6):382-90.
23. Garg VK, Avashthi H, Tiwari A, Pramod PAJ. MFPPI–Multi FASTA ProtParam Interface. Bioinformation 2016;12(2):74-7.
24. Chakraborty C, Agrawal A. Computational analysis of C-reactive protein for assessment of molecular dynamics and interaction properties. Cell biochemistry and biophysics 2013;67(2):645-56.
25. Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic acids research 2003;31(13):3406-15.
26. Barrick JE, Roberts RW. Sequence analysis of an artificial family of RNA‐binding peptides. Protein Science 2002;11(11):2688-96.
27. Yang J, Yan R, Roy A, Xu D, Poisson J, Zhang Y. The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction. Nature methods 2015;12(1):7-8.
28. Wiederstein M, Sippl MJ. ProSA-web: interactive web service for the recognition of errors in three-dimensional structures of proteins. Nucleic acids research 2007;35(suppl 2):W407-W10.
29. Ansari HR, Raghava GP. Identification of conformational B-cell Epitopes in an antigen from its primary sequence. Immunome research 2010;6(1):6.
30. Amani J, Salmanian AH, Rafati S, Mousavi SL. Immunogenic properties of chimeric protein from espA, eae and tir genes of Escherichia coli O157: H7. Vaccine 2010;28(42):6923-9.
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

کد امنیتی را در کادر بنویسید >



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Amerian M, Nazarian S, Honari H, Minaie M E, kordbacheh E. Insilico Design and Construction of a Chimeric Gene Comprising the A Subunit of Vibrio cholera Pilin and the B Subunit of Cholera Toxin. Iran J Med Microbiol. 2017; 11 (3) :37-48
URL: http://ijmm.ir/article-1-665-fa.html
عامریان میلاد، نظریان شهرام، هنری حسین، مینایی محمد ابراهیم، کردبچه عماد. طراحی بیوانفورماتیکی و ساخت ژن کایمر دربردارنده زیر واحد B کلراتوکسین و زیر واحد A پیلی ویبریو کلرا. مجله میکروب شناسی پزشکی ایران. 1396; 11 (3) :37-48

URL: http://ijmm.ir/article-1-665-fa.html

سال 11، شماره 3 - ( مرداد - شهریور 1396 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله میکروب شناسی پزشکی ایران Iranian Journal of Medical Microbiology
Persian site map - English site map - Created in 0.057 seconds with 831 queries by yektaweb 3531