[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: آرشیو مجله :: ارسال مقاله :: ثبت نام :: جستجو :: تماس با ما ::
:: سال 11، شماره 1 - ( فروردین - اردیبهشت 1396 ) ::
جلد 11 شماره 1 صفحات 18-29 برگشت به فهرست نسخه ها
تشخیص مولکولی سرووار بیماری‌زای سالمونلا انتریتیدیس به روش LAMP با استفاده از مارکر اختصاصی غربال‌شده به‌وسیله روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای
هادی روان 1، مژده اماندادی2
1- گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران ، ravan@uk.ac.ir
2- گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
چکیده:   (1577 مشاهده)

زمینه و اهداف: سالمونلا انتریتیدیس یکی از شایع‌ترین علل گاستروانتریت می‌باشد که در موارد حاد می‌تواند منجر به سپتی‌سمی و یا حتی مرگ شود. در مطالعه حاضر با استفاده از روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای مارکرهای ژنی این سرووار غربال گردید و اختصاصی‌ترین مارکر با استفاده از روش LAMP برای شناسایی این پاتوژن مورد هدف قرار گرفت.

مواد و روش کار: این مطالعه در سال 1394 صورت گرفت. بمنظور یافتن مارکرهای ژنی سالمونلا انتریتیدیس ، 50 ژنوم کامل از سویه‌های سالمونلا انتریتیدیس و سایر جنس‌های خانواده انتروباکتریاسه با استفاده از روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای موردبررسی قرار گرفتند. مارکر اختصاصی غربال‌شده با طراحی 6 پرایمر اختصاصی و با استفاده از روش LAMP به‌منظور شناسایی سویه‌های سالمونلا انتریتیدیس  هدف قرار گرفت (سویه‌های باکتریایی مورد استفاده در این مطالعه از بیمارستان‌های جنوب شرق کشور جمع‌آوری گردید). کارایی روش LAMP برای شناسایی سالمونلا انتریتیدیس در نمونه‌های گوشت مرغ که بصورت مصنوعی به این باکتری آلوده ‌شده بودند، نیز مورد ارزیابی قرار گرفت.

یافته‌ها: ژن lygC به‌عنوان اختصاصی‌ترین مارکر برای شناسایی سویه‌های سالمونلا انتریتیدیس انتخاب شد. نتایج حاصل از روش LAMP اختصاصیت این مارکر را برای شناسایی ایزوله‌های سالمونلا انتریتیدیس نشان داد. حساسیت این روش برای کشت خالص باکتری CFU/reaction 10 و برای نمونه‌های گوشت مرغ آلوده CFU/mL 103 در آغاز انکوباسیون و  CFU/mL 10 بعد از 4 ساعت انکوباسیون ارزیابی گردید.

نتیجه‌گیری: پژوهش حاضر اثبات می‌کند که روش ژنومیک مقایسه‌ای روشی کارآمد برای شناسایی مارکرهای ژنی اختصاصی می‌باشد. همچنین روش LAMP حاضر می‌تواند یک ابزار قدرتمند، دقیق و ارزان جهت شناسایی سالمونلا انتریتیدیس در آزمایشگاه‌های کنترل کیفی مواد غذایی و تشخیص طبی باشد.

واژه‌های کلیدی: سالمونلا انتریتیدیس، مارکر اختصاصی، ژنومیک مقایسه‌ای، روش LAMP
متن کامل [PDF 1238 kb]   (534 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: میکروب شناسی مولکولی
فهرست منابع
1. Alvarez J, Sota M, Vivanco AB, Perales I, Cisterna R, Rementeria A, et al. Development of a multiplex PCR technique for detection and epidemiological typing of Salmonella in human clinical samples. J Clin Microbiol 2004; 42(4):1734-8. [PubMed]
2. Tatavarthy A, Cannons A. Real‐time PCR detection of Salmonella species using a novel target: the outer membrane porin F gene (ompF). Lett Appl Microbiol 2010; 50(6):645-52. [PubMed]
3. Amini K, Salehi TZ, Nikbakht G, Ranjbar R, Amini J, Ashrafganjooei SB. Molecular detection of invA and spv virulence genes in Salmonella Enteritidis isolated from human and animals in Iran. Afr J Microbiol Res 2010; 4(21):2202-10. [Article]
4. Spencer JF, de Spencer ALR. Food microbiology protocols. SpringerScience & Business Media; 2001. [Article]
5. Jay JM, Loessner MJ, Golden DA. Modern food microbiology. Springer Science & Business Media; 2008. [Article]
6. Soltan DM FF, Eesraqi SS, Zahraei T, Ranjbar R, Akbari A,, Abdosamadi Z AhF, Nikmanesf B. The antimicrobialresistance pattern among Salmonella Enteritidis isolate from 1950 diiarhoic children in Iran. Tehran Univ Med Sci 2009; 67(12):35-48.
7. Bozorgmehri. An introduction of contamination rate ofSalmonella Enteritidis in broiler chicken from of Tehra. Int J FacVet Med Univ Tehran.47(1):70-6. [Article]
8. P Feng, S Weagant, K Jinneman, Diarrheagenic Escherichia coli, in: Bacteriological Analytical Manual, US Food Drug Administration 2002; 4(5): 20-24. [Article]
9. Foley SL, Zhao S, Walker RD. Comparison of molecular typing methods for the differentiation of Salmonella foodborne pathogens. Foodborne Pathog Dis 2007; 4(3):253-76. [PubMed]
10. Blixt O, Hoffmann J, Svenson S, Norberg T. Pathogen specific carbohydrate antigen microarrays: achip for detection of Salmonella O-antigen specific antibodies. Glycoconjugate J 2008; 25(1):27-36. [PubMed]
11. Fach P, Dilasser F, Grout J, Tache J. Evaluation of a Polymerase Chain Reaction–Based Test for Detecting Salmonella spp. in Food Samples: Probelia Salmonella spp. J Food Prot 1999; 62(12):1387-93. [PubMed]
12. Chen Z, Zhang K, Yin H, Li Q, Wang L, Liu Z. Detection of Salmonella and several common Salmonella serotypes in food by loop-mediated isothermal amplification method. Food Sci Hum Welness 2015; 4(2):75-9. [Article]
13. Liu B, Zhou X, Zhang L, Liu W, Dan X, Shi C, et al. Development of a novel multiplex PCR assay for the identification of Salmonella enterica Typhimurium and Enteritidis. Food Control 2012; 27(1):87-93. [Article]
14. Gong J, Zhuang L, Zhu C, Shi S, Zhang D, Zhang L, et al. Loop-Mediated Isothermal Amplification of the sefA Gene for Rapid Detection of Salmonella Enteritidis and Salmonella Gallinarum in Chickens. Foodborne Pathog Dis 2016; 13(4):177-81. [PubMed]
15. Ravan H, Amandadi M. Analysis of yeh Fimbrial Gene Cluster in Escherichia coli O157: H7 in Order to Find a Genetic Marker for this Serotype. Curr Microbiol 2015; 71(2):274-82. [PubMed]
16. Ravan H, Amandadi M, Sanadgol N. A highly specific and sensitive loop-mediated isothermal amplification method for the detection of Escherichia coli O157: H7. Microb Pathog 2016; 91:161-5. [PubMed]
17. Liu D. Molecular detection of foodborne pathogens. CRC Press; 2009.
18. Mothershed EA, Whitney AM. Nucleic acid-based methods for the detection of bacterial pathogens: present and future considerations for the clinical laboratory. Clin Chim Acta 2006; 363(1):206-20. [PubMed]
19. Okamura M, Ohba Y, Kikuchi S, Suzuki A, Tachizaki H, Takehara K, et al. Loop-mediated isothermal amplification for the rapid, sensitive, and specific detection of the O9 group of Salmonella in chickens. Vet Microbiol 2008; 132(1):197-204. [PubMed]
20. Ravan H, Yazdanparast R. Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification method in conjunction with an enzyme-linked immunosorbent assay for specific detection of Salmonella serogroup D. Anal Chim Acta 2012; 733:64-70. [PubMed]
21. Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res 2000; 28(12):e63. [PubMed]
22. Chen J, Zhang L, Paoli GC, Shi C, Tu S-I, Shi X. A real-time PCR method for the detection of Salmonella enterica from food using a target sequence identified by comparative genomic analysis. Int J Food Microbiol 2010; 137(2):168-74. [PubMed]
23. Liu B, Zhang L, Zhu X, Shi C, Chen J, Liu W, et al. PCR identification of Salmonella serogroups based on specific targets obtained by comparative genomics. Int J Food Microbiol 2011; 144(3), 511-18. [PubMed]
24. Darling AE, Mau B, Perna NT. Progressive Mauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement. PloS one 2010; 5(6):e11147. [Article]
25. Altschul S. The statistics of sequence similarity scores. World Wide Web electronic publication unknown. 2011.
26. Thomson NR, Clayton DJ, Windhorst D, Vernikos G, Davidson S, Churcher C, et al. Comparative genome analysis of Salmonella Enteritidis PT4 and Salmonella Gallinarum 287/91 provides insights into evolutionary and host adaptationpathways. Genome Res 2008; 18(10):1624-37. [PubMed]
27. Agron PG, Walker RL, Kinde H, Sawyer SJ, Hayes DC, Wollard J, et al. Identification by subtractive hybridization of sequences specific for Salmonella enterica serovar Enteritidis. Appl Environ Microbiol 2001; 67(11):4984-91. [PubMed]
28. Santiviago CA, Blondel CJ, Quezada CP, Silva CA, Tobar PM, Porwollik S, et al. Spontaneous excision of the Salmonella enterica serovar Enteritidis-specific defective prophage-like element φSE14. J Bacteriol 2010; 192(8):2246-54.
29. Techathuvanan C, D'Souza DH. Reverse‐Transcriptase Loop‐Mediated Isothermal Amplification as a Rapid Screening/ Monitoring Tool for Salmonella Enterica Detection in Liquid Whole Eggs. J food sci 2012; 77(4):M20. [PubMed]
30. O'Regan E, McCabe E, Burgess C, McGuinness S, Barry T, Duffy G, et al. Development of a real-time multiplex PCR assay for the detection of multiple Salmonella serotypes in chicken samples. BMC Microbiol 2008; 8(1):1. [PubMed]
31. Shanmugasundaram M, Radhika M, Murali H, Batra H. Detection of Salmonella enterica serovar Typhimurium by selective amplification of fliC, fljB, iroB, invA, rfbJ, STM2755, STM4497 genes by polymerase chain reaction in a monoplex and multiplex format. World J Microbiol Biotechnol 2009; 25(8):1385-94. [Article]
32. Ravan H, Yazdanparast R. Development of a new loop-mediated isothermal amplification assay for prt (rfbS) gene to improve the identification of Salmonella serogroup D. World J Microbiol Biotechnol. 2012; 28(5):2101-6. [PubMed]
33. Feng P. Identification of Escherichia coli serotype O157: H7 by DNA probe specific for an allele of uid A gene. Mol Cell Probes 1993; 7(2):151-4. [PubMed]
34. Li X, Zhang S, Zhang H, Zhang L, Tao H, Yu J, et al. A loop-mediated isothermal amplification method targets the phoP gene for the detection of Salmonella in food samples. Int J Food Microbiol 2009; 133(3):252-8. [PubMed]
35. Yang JL, Ma G-P, Yang R, Yang SQ, Fu LZ, Cheng AC, et al. Simple and rapiddetection of Salmonella serovar Enteritidis under field conditions by loop‐mediated isothermal amplification. J Appl Microbiol 2010; 109(5):1715-23.
36. Conceição RdCdS, Moreira ÂN, Ramos RJ, Goularte FL, Carvalhal JB, Aleixo JAG. Detection of salmonella sp in chicken cuts using immunomagnetic separation. Braz J Microbiol 2008; 39(1):173-7. [PubMed]
37. Malorny B, Bunge C, Helmuth R. A real-time PCR for the detection of Salmonella Enteritidis in poultry meat and consumption eggs. J Microbiol Methods 2007; 70(2):245-51. [PubMed]
38. Karami A, Moradi A, Sorouri R, Ahmadi Z. Evaluation of LAMP (loop-mediated isothermal dna amplification) for molecular detection of salmonella. J Ilam Univ Med Sci 2009; 17(3):1-9. [in Persian]
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

کد امنیتی را در کادر بنویسید >



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Ravan H, Amandadi M. Molecular detection of pathogenic serovar Salmonella enteritidis by LAMP method using a specific marker screened by comparative genomic methods. Iran J Med Microbiol. 2017; 11 (1) :18-29
URL: http://ijmm.ir/article-1-598-fa.html
روان هادی، اماندادی مژده. تشخیص مولکولی سرووار بیماری‌زای سالمونلا انتریتیدیس به روش LAMP با استفاده از مارکر اختصاصی غربال‌شده به‌وسیله روش‌های ژنومیک مقایسه‌ای. مجله میکروب شناسی پزشکی ایران. 1396; 11 (1) :18-29

URL: http://ijmm.ir/article-1-598-fa.html

سال 11، شماره 1 - ( فروردین - اردیبهشت 1396 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله میکروب شناسی پزشکی ایران Iranian Journal of Medical Microbiology
Persian site map - English site map - Created in 0.054 seconds with 830 queries by yektaweb 3531